| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 848,350 | C→T | 6.9% | intergenic (‑346/+58) | glnH ← / ← dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein; stress‑inducible DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 848,350 | 0 | C | T | 6.9% | 462.5 / 17.5 | 144 | intergenic (‑346/+58) | glnH/dps | glutamine transporter subunit/Fe‑binding and storage protein; stress‑inducible DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/61); new base T (6/4); total (79/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCT > NC_000913/848202‑848498 | gATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTAGTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTTCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGcc > 3:47084/1‑149 (MQ=255) tttAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTg > 1:553797/1‑149 (MQ=255) tAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGaa > 1:475206/1‑149 (MQ=255) 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< 1:369549/149‑1 (MQ=255) tgatgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCTTCCTGACAGGAGGCCGttt < 2:975371/149‑1 (MQ=255) tgatgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCtt > 2:206557/1‑149 (MQ=255) tgatgaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCtt < 3:426274/149‑1 (MQ=255) gaAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTAt > 1:679705/1‑149 (MQ=255) aaaaCAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGc > 1:353355/1‑140 (MQ=255) 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caaaacGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCa > 1:887209/1‑149 (MQ=255) caaaacGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCa > 3:1010007/1‑149 (MQ=255) aagcGGCTTCCTGACAGGAGGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGa < 1:976492/70‑1 (MQ=37) aagcGGCTTCCTGACAGGAGGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAg < 1:529598/125‑1 (MQ=255) aagcGGCTTCCTGACAGGAGGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAg > 2:529598/4‑128 (MQ=255) aagcGGCTTCCTGACAGGAGGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATc > 2:746584/4‑149 (MQ=255) 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ctcctGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTttcgct > 2:249177/1‑149 (MQ=255) ctcctGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTttcgct > 1:11992/1‑149 (MQ=255) | GATTATTTAGCGTAAAACCTGATGAAAAAACAATCTTTATGTAACGATTGTGTGATGATGTGGATACAAAAAATTTACTTAATCAGCTGGAGATAGCAGATGGATGCACTAAATAAGTGCGTTGAGGTGGGCTGCAAAACAAAACGGCCTCCTGTCAGGAAGCCGCTTTTATCGGGTACTAAAGTTCTGCACCATCAGCGATGGATTTATTCGATGTTAGACTCGATAAACCACAGGAATTTATCCAGGTCGCGAGACGCGGCGGTCAGGATATCTGCGGTGTCGTCATCTTTCGCT > NC_000913/848202‑848498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |