Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,560,455 | +G | intergenic (‑2/+1) | glpR ← / ← glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,560,455 | 1 | . | G | 93.7% | 441.7 / 12.0 | 127 | intergenic (‑2/+1) | glpR/glpR | pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon/pseudogene, DNA‑binding transcriptional repressor;regulator; Energy metabolism, carbon: Anaerobic respiration; repressor of the glp operon |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/3); new base G (48/71); total (53/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
CCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCA‑GTGCGT‑GCGCTACCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑C‑AGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGGCGATGTGTGCTCCGTTCGCCA > NC_000913/3560182‑3560707 | caacaggCGAGAGTTCTGCGAAAATCTCTTTTTGCCATCCACGGTTTCACAATGTTGGGCTTGTTGTCGACAATGCGCAAATGGCTGTGATTGAGCA‑GTGCTC‑GCACGACCGC‑TCCGCGGTGGGGGAGGATAACGATAGACAGCGTTGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGCTGCGCGCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑cg < 4:272184/270‑2 (MQ=255) 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acGAGAATGAGTCGAAAATATTCTTTTACCATCAACTTGTTAGCAACGTTTGGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTTAGCA‑AGGCGT‑GCGCTACCGCTTCCGGGGT‑GGTGCCGTTATCGATAAACGGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTGGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGACCTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGa < 3:184051/273‑1 (MQ=255) aaaTTTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCA‑GTGCGT‑GCGCTACCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGATCAGGTTTTGCTCCg < 1:636741/274‑1 (MQ=255) aaaTCTTCTTTTACCAACAAAGTTTTAGCAACGTTGGGATTGTTGGTGCAAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCA‑GTGCGT‑GCGCTACCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGATCAGGTTTTGCTCCg < 1:8152/274‑1 (MQ=255) aaaGCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGAAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCA‑GTGCGT‑GCGCTACCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGAGATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGATCAGGTTTTGCTCCg < 1:215705/274‑1 (MQ=255) cagaaaggtttttgCAACGGTGAGGTTGTTGGGGAGGATGGGAAATTTGCTGTGAGTGAGCA‑GTGCGT‑GGGCTGCCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGATATCGATAAACAGCGGCGAGCCATTGGTGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTGCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTc < 4:599154/263‑1 (MQ=255) cAACGTTTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGAAAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCA‑GTACGT‑GCGCTACCGCTTCCGGCGT‑GGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTG‑CCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑CGC‑AGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTcgc < 1:578609/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |