| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,916,756 | A→G | 5.8% | I167V (ATC→GTC) | yebS → | inner membrane PqiA domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,916,756 | 0 | A | G | 5.8% | 231.8 / 2.5 | 69 | I167V (ATC→GTC) | yebS | inner membrane PqiA domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/34); new base G (2/2); total (33/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACTGTGGGAGC > NC_000913/1916615‑1916903 | aTGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCt > 2:564373/1‑149 (MQ=255) tGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTg < 1:209737/149‑1 (MQ=255) tttttCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCgg > 4:180064/1‑149 (MQ=255) ttttCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGc < 3:84667/149‑1 (MQ=255) tCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCAtt > 1:133302/1‑149 (MQ=255) tCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCAtt < 4:387247/149‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGt > 1:452244/1‑149 (MQ=255) gTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGt < 2:36708/149‑1 (MQ=255) gTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGt > 1:153880/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGc < 2:612023/149‑1 (MQ=255) ggTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTc < 2:299843/149‑1 (MQ=255) ccGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAACGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATaaa < 2:618581/149‑1 (MQ=255) ccGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATGTCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATaaa > 1:265066/1‑149 (MQ=255) ccGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATGTCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATaaa > 1:269751/1‑149 (MQ=255) ccGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATaaa < 1:217071/149‑1 (MQ=255) ccGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATaaa > 2:187664/1‑149 (MQ=255) cGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAg < 4:595926/149‑1 (MQ=255) cGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAg < 1:368569/149‑1 (MQ=255) tCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTa > 1:291776/1‑149 (MQ=255) 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aaCCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGtt < 1:65091/149‑1 (MQ=255) tGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCtttt < 4:21077/149‑1 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGGTGCTTGAGCGACTTAAAGGGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTtgtg < 2:452244/149‑1 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTc < 4:481376/131‑1 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTc > 3:481376/1‑131 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGtt < 3:299208/139‑1 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGtt > 4:299208/1‑139 (MQ=255) gaatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTtgtg > 1:459687/1‑149 (MQ=255) aatgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTgg > 4:554112/1‑149 (MQ=255) atgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGc < 4:535957/81‑1 (MQ=255) atgaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGc > 1:265774/1‑149 (MQ=255) atgaatTTACGACCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGc > 3:535957/1‑81 (MQ=255) gaatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGt < 2:524840/149‑1 (MQ=255) aatTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGtt < 4:569182/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTaa > 4:582686/1‑149 (MQ=255) gTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAac < 3:124792/149‑1 (MQ=255) gTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAac < 1:564373/149‑1 (MQ=255) tgATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTg < 3:65700/149‑1 (MQ=255) gATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGa > 3:86176/1‑149 (MQ=255) gCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTcac > 1:195492/1‑149 (MQ=255) cGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTcaca > 2:347903/1‑149 (MQ=255) aCTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATc > 4:486644/1‑149 (MQ=255) ttAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTa > 2:106110/1‑62 (MQ=255) ttAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTa < 1:106110/62‑1 (MQ=255) ttAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCtt > 3:187831/1‑149 (MQ=255) ttAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCtt > 1:549835/1‑149 (MQ=255) agTGGGTAATGCTCGATGTCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTc < 2:269751/149‑1 (MQ=255) agTGGGTAATGCTCGATGTCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTc < 2:265066/149‑1 (MQ=255) tGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGtt > 1:268924/1‑92 (MQ=255) tGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGtt < 2:268924/92‑1 (MQ=255) gggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCgaa < 1:187369/149‑1 (MQ=255) gggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCgaa < 2:459687/149‑1 (MQ=255) gggTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCgaa < 2:133302/149‑1 (MQ=255) cTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACtgtg > 3:226669/1‑149 (MQ=255) tCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGt > 3:467490/1‑115 (MQ=255) tCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGt < 4:467490/115‑1 (MQ=255) cGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACtgt > 2:350806/1‑146 (MQ=255) cGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACtgt < 1:350806/146‑1 (MQ=255) gATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACTGTGGGa < 3:554112/149‑1 (MQ=255) tatCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACTGTGGGAGc > 2:335809/1‑149 (MQ=255) | ATGGTCTTTTTCTGCGTTATTGGTGCCCCGCTCATTCTGGTGACCTCCATAGCTTATTTATGGTTTGGTAACCGACTGGGAATGAATTTACGTCCGGTACTGCTGATGCTTGAGCGACTTAAAGAGTGGGTAATGCTCGATATCTACCTGGTCGGCATTGGCGTTGCTTCTATAAAGGTACAGGATTATGCCCATATCCAGGCTGGTGTCGGCTTGTTCTCTTTTGTGGCGTTGGTGATTTTAACGACGGTGACGTTGTCACATCTTAATGTCGAAGAACTGTGGGAGC > NC_000913/1916615‑1916903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |