| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,333,753 | C→T | 5.4% | A15V (GCG→GTG) | ispB → | octaprenyl diphosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,333,753 | 0 | C | T | 5.4% | 296.2 / 3.4 | 88 | A15V (GCG→GTG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/38); new base T (2/3); total (47/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCTGTGCCATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTGTACTGGCTGCACGAGCTGTTGGCTATGAGGG > NC_000913/3333605‑3333897 | aTCTGTGCCATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGc < 3:708/149‑1 (MQ=255) cATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGTGGGTGTTa > 2:296501/1‑149 (MQ=255) cATTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAACGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTa > 3:383021/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTaa < 1:276717/149‑1 (MQ=255) aTTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTaa > 4:58487/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTaa > 3:107004/1‑149 (MQ=255) aTTTTTTCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTaa > 2:280869/1‑149 (MQ=255) ttttttCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAAt > 3:58684/1‑149 (MQ=255) ttttCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGc > 3:300932/1‑149 (MQ=255) ttCAGTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGCTAATGCgg < 3:572082/149‑1 (MQ=255) gTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTTAAGCGGCaaa > 4:52967/1‑148 (MQ=255) gTACAATCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAAt > 1:144432/1‑149 (MQ=255) aaTCACCCTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGTGGGTGTTAATGCGGCAATCCtt > 2:157701/1‑149 (MQ=255) atctccTATATTCCTAACCATAAACCCACAGTTGCCTTTGTTCACAGTATGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTCTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGTGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGa < 3:524161/145‑1 (MQ=255) cTATATTCCTAAGCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTACACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATATAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGGGTTAAATAGGCAATCCCTGagtggt > 4:524161/1‑145 (MQ=255) cTATATTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGggcagc > 3:151714/1‑149 (MQ=255) atTCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTaa < 1:280869/149‑1 (MQ=255) ttCCTAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAAt > 4:25335/1‑149 (MQ=255) tccgatccATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGTAAAGCCCGGCTTTTGCTATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAAtt < 4:462273/143‑1 (MQ=255) tAACCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCg < 4:107004/149‑1 (MQ=255) aaCCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGTAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 2:324904/149‑1 (MQ=255) aaCCATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGa < 1:140736/149‑1 (MQ=255) cATAAACCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGt > 4:531001/1‑149 (MQ=255) aaCCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGC‑TTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGgtgt < 1:447832/108‑1 (MQ=255) aaCCCTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGC‑TTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGgtgt > 2:447832/1‑108 (MQ=255) ccTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGTGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCATTGAACAGCTTAATTACGACGTCCAAATg > 4:426825/1‑149 (MQ=255) cTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGTAAACCTTGGGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGa > 2:252246/1‑149 (MQ=255) cTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGagc < 4:273176/125‑1 (MQ=255) cTAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGagc > 3:273176/1‑125 (MQ=255) tAAGTTGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGat > 3:65597/1‑149 (MQ=255) ttGCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGATAATGCGTCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCCACGTCCAACTGatcaat < 4:383021/149‑1 (MQ=255) gCCTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatcaatca > 1:255387/1‑149 (MQ=255) cTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCg < 2:57638/103‑1 (MQ=255) cTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCg > 1:57638/1‑103 (MQ=255) cTTTGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGt > 3:323645/1‑149 (MQ=255) tttGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGtt > 3:475121/1‑149 (MQ=255) ttGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTa < 2:144432/149‑1 (MQ=255) tGTTCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAg < 1:483851/149‑1 (MQ=255) ttCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTcc < 4:577720/129‑1 (MQ=255) ttCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTcc > 3:577720/1‑129 (MQ=255) tCACAGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCt > 3:619392/1‑149 (MQ=255) acaGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCgg < 1:317591/84‑1 (MQ=255) acaGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCgg > 2:317591/1‑84 (MQ=255) caGTAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTAtt < 3:58487/149‑1 (MQ=255) tAAGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGTGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACa < 1:157701/149‑1 (MQ=255) aGGTAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATc < 1:430052/149‑1 (MQ=255) tAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatc > 2:588462/1‑125 (MQ=255) tAATCGGGGCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGatc < 1:588462/125‑1 (MQ=255) aaTCGGGGCTAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGACTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAAAAGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATTCTTCAGTAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATAAATCAGTTAAGCTATTACAACGTCa > 4:273906/1‑149 (MQ=255) gggCGAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcggc > 2:506942/1‑149 (MQ=255) gAAAAGCCCGGGTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAAGTGATCAATCAGTTACGCTATTACATCGTCAgcggcggcg > 3:408163/1‑149 (MQ=255) gAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcggcggcg > 1:521181/1‑149 (MQ=255) gAAAAGCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAgcggcggcg > 3:36934/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTaaa < 1:252246/149‑1 (MQ=255) cccGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAAc < 4:60672/149‑1 (MQ=255) cccGGCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAAc < 2:116565/149‑1 (MQ=255) ggCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGGAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGAAGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTa > 4:366899/1‑149 (MQ=255) gCTTTTGCGATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTAt < 4:198034/149‑1 (MQ=255) gATGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTTCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCga > 4:601487/1‑149 (MQ=255) 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aTGAATTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCgat < 4:300932/149‑1 (MQ=255) aTTTAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGAtt < 4:274942/149‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGc > 1:610493/1‑149 (MQ=255) tAGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCt > 3:357500/1‑149 (MQ=255) aGAAAAAATCAATGAGTTAACCGCGCAAGATATGGCGGGTGTTAATGCGGCAATCCTTGAGCAGCTTAATTCCGACGTCCAACTGATCAATCAGTTAGGCTATTACATCGTCAGCGGCGGCGGTAAACGTATTCGTCCGATGATTGCTg < 4:36934/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3333605‑3333897 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |