| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,897,613 | G→A | 7.5% | P36P (CCG→CCA) | cbrB → | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,897,613 | 0 | G | A | 7.5% | 340.5 / 13.0 | 106 | P36P (CCG→CCA) | cbrB | PRK09823 family inner membrane protein, creBC regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/49); new base A (4/4); total (53/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTG > NC_000913/3897472‑3897758 | aTTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTc < 4:304781/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCAGC‑GGTTCttt < 3:551486/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCttt < 2:328984/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCttt 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atTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATc > 4:525824/1‑149 (MQ=255) tcttcGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGt > 1:576181/1‑149 (MQ=255) cGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTc > 1:19684/1‑149 (MQ=255) gCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTct > 1:343650/1‑149 (MQ=255) gCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTct < 1:334406/149‑1 (MQ=255) ccaaaGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTctg > 3:377569/3‑149 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCgttgtt < 1:166657/83‑1 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCgttgtt > 2:166657/3‑85 (MQ=255) ccaaaGAACC‑AGCGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCgtt < 1:6072/80‑1 (MQ=255) aaaaGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTctgg > 2:178133/1‑149 (MQ=255) aCC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCtggtg < 3:176034/149‑1 (MQ=255) | ATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACC‑GCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTG > NC_000913/3897472‑3897758 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |