Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,517,511 | G→C | 8.3% | S69R (AGC→AGG) | fecR ← | anti‑sigma transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA‑bound ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,517,511 | 0 | G | C | 8.3% | 244.7 / 11.1 | 72 | S69R (AGC→AGG) | fecR | anti‑sigma transmembrane signal transducer for ferric citrate transport; periplasmic FecA‑bound ferric citrate sensor and cytoplasmic FecI ECF sigma factor activator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/43); new base C (3/3); total (26/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.13e-01 |
TGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCA > NC_000913/4517363‑4517658 | tGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCgg > 1:175404/1‑149 (MQ=255) tGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCgg > 4:243532/1‑149 (MQ=255) cTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTg < 4:469590/149‑1 (MQ=255) tgCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCTAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGcg > 3:486906/1‑148 (MQ=255) tgCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCTAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGcg > 1:84328/1‑148 (MQ=255) tgCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGcg > 1:4497/1‑148 (MQ=255) gCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCaa < 3:328242/149‑1 (MQ=255) ttGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCACTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTc < 4:423678/149‑1 (MQ=255) cggtgcggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCa < 1:23830/149‑1 (MQ=255) gtgcggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAgg > 1:311956/1‑149 (MQ=255) cggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCTAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGCGACGTTGCCAgccgg < 4:486906/149‑5 (MQ=255) cggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCTAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGCGACGTTGCCAgccgg < 2:84328/149‑5 (MQ=255) cggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGcac > 2:248522/1‑149 (MQ=255) cggtAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGCCTGGCGACGTTGCCAgccgg < 2:4497/149‑5 (MQ=255) tCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGcc > 4:298951/1‑149 (MQ=255) tGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCaa < 3:10380/149‑1 (MQ=255) tGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCaa > 4:110775/1‑149 (MQ=255) cccGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGc < 2:423907/149‑1 (MQ=255) cAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGt < 4:79218/149‑1 (MQ=255) ttCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTTCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCa > 3:436526/1‑149 (MQ=255) cGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAgg < 1:56837/149‑1 (MQ=255) gTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTc < 4:113759/149‑1 (MQ=255) gTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTc < 4:266737/149‑1 (MQ=255) cAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGTGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAgg < 3:268285/98‑1 (MQ=255) cAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGTGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAgg > 4:268285/1‑98 (MQ=255) aGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTgg < 4:614006/149‑1 (MQ=255) ccGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCt > 1:540056/1‑106 (MQ=255) ccGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCt < 2:540056/106‑1 (MQ=255) cGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcc < 2:461798/149‑1 (MQ=255) cGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcc < 2:56974/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcct < 3:586626/149‑1 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcctga < 4:478245/149‑1 (MQ=255) aGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcctgat < 4:581556/149‑1 (MQ=255) gcCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcctgatcct < 3:507580/149‑1 (MQ=255) ccGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcctgatcctg < 3:446866/149‑1 (MQ=255) cGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAATGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGCTTatcctgat > 1:425080/1‑144 (MQ=255) cGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTatcctgat < 2:425080/144‑1 (MQ=255) gAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGtt < 2:272389/149‑1 (MQ=255) cAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCAt < 1:438362/149‑1 (MQ=255) aCAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTACATAc < 3:261969/149‑1 (MQ=255) agcagTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCa > 1:94449/1‑149 (MQ=255) gcagTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTg < 3:134219/124‑1 (MQ=255) gcagTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGGTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTg > 4:134219/1‑124 (MQ=255) tAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGtt < 1:387820/149‑1 (MQ=255) tAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGtt > 1:523138/1‑149 (MQ=255) tAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGtt < 1:338646/149‑1 (MQ=255) tCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACCGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGcc > 3:226500/1‑149 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGtt > 3:502546/1‑131 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGtt < 4:502546/131‑1 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATa > 3:529186/1‑135 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATa < 4:529186/135‑1 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATAc < 3:207166/136‑1 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATAc > 4:207166/1‑136 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACt < 3:129278/140‑1 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACt > 4:129278/1‑140 (MQ=255) tttCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAgc > 1:37023/1‑149 (MQ=255) tcatcaCGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAAAGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAgcgc < 3:455610/149‑1 (MQ=255) atcaCGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAAAGCCCGGCTGGCAAAGTCGCCGGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGGTTTCAACCTCCTGCCAGGCCCACAGGTTATCCTTATACTGGTCATAACACTGTTGCCAgcgcgc > 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ggCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCa < 4:621425/149‑1 (MQ=255) | TGACTGTGCCTTTGGCGGTGCGGTAATCTGCCCGCAGACCTTCGCCGGTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCA > NC_000913/4517363‑4517658 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |