| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 577,260:1 | +T | 6.0% | intergenic (‑435/‑138) | nmpC ← / → essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 577,260 | 1 | . | T | 6.0% | 582.7 / 30.0 | 134 | intergenic (‑435/‑138) | nmpC/essD | DLP12 prophage; truncated outer membrane porin (pseudogene);IS, phage, Tn; Phage or Prophage Related; outer membrane porin protein; locus of qsr prophage/DLP12 prophage; putative phage lysis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (65/61); new base T (4/4); total (69/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCAT > NC_000913/577116‑577408 | ttATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTc > 4:1590935/1‑149 (MQ=255) gttgAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGATAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCgg > 1:552351/1‑149 (MQ=255) aTTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGtttaa < 1:1286216/149‑3 (MQ=255) ttATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGtttaa < 3:11963/143‑3 (MQ=255) ttATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGtttaa > 4:11963/1‑141 (MQ=255) ttttCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCAtttttt > 4:485664/1‑133 (MQ=255) ttttCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCAtttttt < 3:485664/133‑1 (MQ=255) ttttCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGc > 3:1415822/1‑149 (MQ=255) tttCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCt < 4:788308/149‑1 (MQ=255) ttCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTa < 4:356227/145‑1 (MQ=255) tCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGa < 4:1415822/149‑1 (MQ=255) aaTACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATa > 4:1380972/1‑149 (MQ=255) aTACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTcc < 4:224249/120‑1 (MQ=255) aTACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTcc > 3:224249/1‑120 (MQ=255) cTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAAccc < 2:552351/149‑1 (MQ=255) tAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATAc < 1:730002/149‑1 (MQ=255) cATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGc > 3:367244/1‑99 (MQ=255) aTTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGttt > 1:354930/1‑104 (MQ=255) ttCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGa < 3:908966/148‑1 (MQ=255) tctcAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGtctc > 3:1393582/1‑118 (MQ=255) ctcAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTAt > 3:1421319/1‑149 (MQ=255) tcAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGttt < 4:745398/98‑1 (MQ=255) tcAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGttt > 3:745398/1‑98 (MQ=255) tcAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTAtt > 1:322260/1‑149 (MQ=255) aaaTATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGGGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCa > 1:715545/1‑149 (MQ=255) tatCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTg > 4:143432/1‑149 (MQ=255) tCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGAc > 1:835873/1‑149 (MQ=255) aTTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGtttaa < 1:1861475/91‑3 (MQ=38) aTTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGCTCGACG‑GCGGGtttaa > 2:1861475/1‑89 (MQ=38) aTTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGa > 2:317474/1‑134 (MQ=255) aTTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGa < 1:317474/134‑1 (MQ=255) tAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAAc < 1:1060900/120‑1 (MQ=255) gTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGAt < 1:1785802/115‑1 (MQ=255) gTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGAt > 2:1785802/1‑115 (MQ=255) tGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTc > 1:307623/1‑149 (MQ=255) gTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTc < 3:107656/133‑1 (MQ=255) gTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTc > 4:107656/1‑133 (MQ=255) tttACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGt < 4:683661/149‑1 (MQ=255) tttACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGt < 4:1392104/149‑1 (MQ=255) gtacgtaAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGt < 4:1892800/149‑1 (MQ=255) acgtaAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGttt < 3:1380972/149‑1 (MQ=255) gtaAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGa < 2:992855/134‑1 (MQ=255) taAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTTGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgt > 1:565155/1‑149 (MQ=255) taAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgt > 3:448104/1‑149 (MQ=255) aaaaaaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgta < 2:307623/149‑1 (MQ=255) aaaaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTa > 3:1581744/1‑92 (MQ=255) aaaTTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGATTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGCTTCgtagta > 3:936967/1‑149 (MQ=255) ttGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTa > 4:1587324/1‑88 (MQ=255) ttGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTa < 3:1587324/88‑1 (MQ=255) ttGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTc > 1:1507651/1‑149 (MQ=255) tGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTcc < 2:4906/149‑1 (MQ=255) tGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTcc < 2:715545/149‑1 (MQ=255) ggTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTccc < 4:936967/149‑1 (MQ=255) gTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAAccc > 3:1618398/1‑96 (MQ=255) gTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTg > 2:1623223/1‑116 (MQ=255) gTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTg < 1:1623223/116‑1 (MQ=255) aTGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCAtttt < 3:815738/66‑1 (MQ=255) aTGCTGTTAAGAGTGGTTACTCCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCAtttt > 4:815738/1‑66 (MQ=255) tGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAAt > 4:334850/1‑149 (MQ=255) gTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTc > 3:1547978/1‑112 (MQ=255) gTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTc < 4:1547978/112‑1 (MQ=255) gTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTac < 2:1507651/149‑1 (MQ=255) ttAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTg < 4:533287/107‑1 (MQ=255) ttAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTg > 3:533287/1‑107 (MQ=255) ttAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTaca > 1:16162/1‑149 (MQ=255) agagTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGc < 2:538079/75‑1 (MQ=255) agagTAGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGc > 1:538079/1‑75 (MQ=255) gTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGa > 4:162593/1‑108 (MQ=255) gTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGa < 3:162593/108‑1 (MQ=255) gTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCt > 4:1560053/1‑149 (MQ=255) tGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgtagta > 3:1278344/1‑127 (MQ=255) ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgca < 1:1028726/121‑3 (MQ=255) ttACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgca > 2:1028726/1‑119 (MQ=255) tACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGc > 3:1525134/1‑143 (MQ=255) aCTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGa < 1:1642943/84‑1 (MQ=255) aCTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGa > 2:1642943/1‑84 (MQ=255) aCTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCt < 4:1421319/149‑1 (MQ=255) ttCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTAt < 4:880453/121‑1 (MQ=255) ttCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGc > 1:266733/1‑149 (MQ=255) ttCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGc > 2:398346/1‑149 (MQ=255) cGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgtag > 3:1560089/1‑116 (MQ=255) cGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgtag > 3:551058/1‑116 (MQ=255) cGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCgtag < 4:1560089/116‑1 (MQ=255) cGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGa < 3:334850/149‑1 (MQ=255) acacaGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAAt < 3:227644/124‑1 (MQ=255) acacaGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTaca > 3:775246/1‑129 (MQ=255) acaGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTggg < 1:478738/149‑1 (MQ=255) acaGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTggg < 2:266733/149‑1 (MQ=255) acaGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTggg > 1:1550230/1‑149 (MQ=255) gCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac > 1:1722584/1‑125 (MQ=255) gCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTacac < 2:1722584/125‑1 (MQ=255) gCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGtt < 4:448104/149‑1 (MQ=255) cTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCg < 1:1057292/127‑1 (MQ=255) cTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCg > 2:1057292/1‑127 (MQ=255) ttAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCa < 2:1241751/77‑1 (MQ=255) ttAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt < 2:16162/149‑1 (MQ=255) ttAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTAt < 2:1550230/149‑1 (MQ=255) ccgc‑cgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATc > 4:939976/1‑149 (MQ=255) c‑cgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTTAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCAt < 2:690889/149‑1 (MQ=255) c‑cgTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCAt < 4:1197070/149‑1 (MQ=255) | TTATTTGTTGAGATTTGCTTATGTATTTGTAGTGGTGTTTTCAATACTCGGTAGCATTCTCTCAAATATCATTTAGTGGTTTACGTACGTAAAAAATTGGTTATGCTGTTAAGAGTGGTTACTTCGTCACACAGCTTAAACCCGC‑CGTCGAGCGGGTTTTTCCATTTTTTGAGTCTCGATATTAGCTGATAACCCAATACCTGAGTTATTCACTGACTCCGAGTCTGTTACGTTTCGTAGTATTCCCTCAATTTACACCCGCTTTGTCTGCGAGGTGGGGTTATGAAATCCAT > NC_000913/577116‑577408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |