| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3411592 = | 122 (0.650) | 6 (0.040) | 6/216 | NT | 6.3% | intergenic (+25/‑61) | fis/yhdJ | global DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA adenine methyltransferase, SAM‑dependent |
| ? | NC_000913 | 3411628 = | 68 (0.400) | intergenic (+61/‑25) | fis/yhdJ | global DNA‑binding transcriptional dual regulator/DNA adenine methyltransferase, SAM‑dependent | |||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGAT > NC_000913/3411444‑3411738 | tgggtcggcaaagatcagatcgacactttcggcggggatctttttaagttcggcaagcgcatcaccgtgaataatggtcttagcttcattaccaaaccgggtcggttcacatcctgttctcatggtcagtccctttgtgacacctataa > 4:860740‑M1/149‑149 (MQ=255)aGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTa > 2:1809564/1‑149 (MQ=255) aaCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTaaa > 2:1172908/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTaaaa > 4:1122264/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTaaaa > 2:1639723/1‑149 (MQ=255) aCAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTaaaa > 2:884915/1‑149 (MQ=255) tcggcaaagatcagatcgacactttcggcggggatctttttaagttcggcaagcgcatcaccgtgaataatggtcttagcttcattaccaaaccgggtcggttcacatcctgttctcatggtcactccctttgtgacacctataaaaaa > 2:1503784‑M1/145‑149 (MQ=255) cAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTaaaaa < 4:562806/149‑1 (MQ=255) aGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAg < 3:1122264/149‑1 (MQ=255) gcaaagatcagatcgacactttcggcggggatctttttaagttcggcaagcgcatcaccgtgaataatggtcttagcttcattaccaaaccgggtcggttcacatcctgttctcatggtcactccctttgtgacacctataAAAAAGgc > 3:1782870‑M1/142‑149 (MQ=255) gcaaagatcagatcgacactttcggcggggatctttttaagttcggcaagcgcatcaccgtgaataatggtcttagcttcattaccaaaccgggtcggttcacatcctgttctcatggtcactccctttgtgacacctataAAAAAGgc > 4:1813947‑M1/142‑149 (MQ=255) ccccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGgc < 1:363179/149‑1 (MQ=255) ccccTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGgc > 3:864884/1‑149 (MQ=255) 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aCTAATTCAGGTTAGCTAAATGCGTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACgg > 4:118679/1‑149 (MQ=255) cTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCttttt > 3:1389861/1‑64 (MQ=255) ttCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGaa > 1:1127968/1‑124 (MQ=255) ttCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGaa < 2:1127968/124‑1 (MQ=255) gTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTtat < 2:1840863/58‑1 (MQ=255) gTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTtat > 1:1840863/1‑58 (MQ=255) cTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGc < 2:265825/146‑1 (MQ=255) cTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGc > 1:265825/1‑146 (MQ=255) tAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGaa > 2:653937/1‑149 (MQ=255) cTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGa > 3:1216865/1‑130 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAt > 4:1795900/1‑80 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGAt < 3:1795900/80‑1 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTaa < 2:892164/111‑1 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGa > 1:578640/1‑129 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGa > 1:260427/1‑129 (MQ=255) ttGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGa < 2:578640/129‑1 (MQ=255) ttAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGTGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGAt > 2:189638/1‑149 (MQ=255) AAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGaa > 3:265999‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAACAGCCCCTGTTGGACATGGTGATGCAATACACCCGTGGTAACCAGACCCGTGCTGCGCTGATGATGGGCATCAACCGTGGTACGCTGCGTAAAAAATTGAAAAAATACGGCATGAACTAATTCAGGTTAGCTAAATGCTTGATTAAAAAGGCGCTACTCGGCATGGGGAAGCGCCTTTTTTATAGGTGTCACAAAGGGAGTGACCATGAGAACAGGATGTGAACCGACCCGGTTTGGTAATGAAGCTAAGACCATTATTCACGGTGATGCGCTTGCCGAACTTAAAAAGAT > NC_000913/3411444‑3411738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |