| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1570641 = | 107 (0.570) | 6 (0.040) +ATAACGTTGTAAA |
5/212 | NT | 9.5% | intergenic (‑152/+4) | gadC/gadB | glutamate:gamma‑aminobutyric acid antiporter/glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent |
| ? | NC_000913 | 3666120 = | 22 (0.120) | intergenic (‑310/+60) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent | |||||
GAACACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAG > NC_000913/3665979‑3666248 | gAACACAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAAT < 1:1025045‑M1/149‑1 (MQ=255) acacAGGGAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACAGTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGC > 1:421888‑M1/1‑149 (MQ=255) ggAAATTAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCt > 1:716454/1‑149 (MQ=255) ttAATAGTAAGCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCctttaa > 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3:704033‑M1/1‑49 (MQ=255) tCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAAC < 4:704033‑M1/49‑1 (MQ=255) aGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttat < 4:917282/84‑1 (MQ=255) aGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttat > 3:917282/1‑84 (MQ=255) gCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCctttaaaaaaacagctgg < 4:1583340‑M1/60‑19 (MQ=255) gCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCctttaaaaaaacagctgg > 3:1583340‑M1/1‑42 (MQ=255) tattatTGCGATCATGAAGCAACCGTATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGATGGGCATTAGGTTATTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAACGCTGCTCTGCTGGGCTATACTCTGGAGTGTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAg < 2:1152222/149‑1 (MQ=25) aGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTga > 1:319410/1‑122 (MQ=255) aGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTga < 2:319410/122‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |