| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3666134 | 23 (0.120) | 7 (0.040) | 6/208 | NT | 19.2% | intergenic (‑324/+46) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent |
| ? | NC_000913 | = 3666147 | 39 (0.240) | intergenic (‑337/+33) | gadX/gadA | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator/glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent | |||||
GCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATT > NC_000913/3666002‑3666291 | gCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgct < 1:1251528‑M2/149‑4 (MQ=255) cAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctg > 2:1251528‑M2/1‑145 (MQ=255) caaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg > 3:705512‑M2/97‑129 (MQ=255) caaagcctccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg < 4:705512‑M2/33‑1 (MQ=255) tccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg > 2:659723‑M2/90‑122 (MQ=255) tccctgaaatatctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTgg < 1:659723‑M2/33‑1 (MQ=255) gTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgg > 1:1298433‑M2/1‑117 (MQ=255) gTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgg < 2:1298433‑M2/122‑6 (MQ=255) tctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCt > 4:456038‑M2/79‑109 (MQ=255) tctcagcgatcacccgaaactgcagggtattgcccagcagaacagctttaaacacacctgataacataacgttgtaaaAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCt < 3:456038‑M2/31‑1 (MQ=255) ataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgg > 4:735437‑M2/1‑101 (MQ=255) ataaACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgg < 3:735437‑M2/106‑6 (MQ=255) taACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctg > 4:1464980‑M2/1‑88 (MQ=255) taACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctg < 3:1464980‑M2/92‑5 (MQ=255) atatatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggtt > 4:794526‑M2/1‑84 (MQ=255) atatatCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggtt < 3:794526‑M2/99‑16 (MQ=255) tCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGg > 4:1457923‑M2/1‑79 (MQ=255) tCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGg < 3:1457923‑M2/80‑2 (MQ=255) tCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTg < 3:81120/130‑1 (MQ=255) tCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTg > 4:81120/1‑130 (MQ=255) aGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttat > 3:917282/1‑84 (MQ=255) aGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttat < 4:917282/84‑1 (MQ=255) tattatTGCGATCATGAAGCAACCGTATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGATGGGCATTAGGTTATTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAACGCTGCTCTGCTGGGCTATACTCTGGAGTGTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAg < 2:1152222/149‑1 (MQ=25) aGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTga < 2:319410/122‑1 (MQ=255) aGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTga > 1:319410/1‑122 (MQ=255) cAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCgg < 3:173928/109‑1 (MQ=255) cAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCgg > 4:173928/1‑109 (MQ=255) gAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggctgtctattcatcgtgttgataaga < 1:1851946‑M2/90‑67 (MQ=255) gAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggctgtctattcatcgtgttgataaga > 2:1851946‑M2/1‑24 (MQ=255) gCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa < 1:539117/145‑1 (MQ=255) gCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa > 2:539117/1‑145 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggctgtctattcatcgtgttgataagatatatgttatatgaatgtttattaaatgtagcgattacctttaatgtcacgaaaagggattattt < 3:617383‑M2/149‑132 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggc > 3:1583340‑M2/1‑18 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggc < 4:1583340‑M2/60‑43 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGgt > 4:759584/1‑56 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGgt < 3:759584/56‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGt > 2:24144/1‑130 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGt < 1:24144/130‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTcc > 1:668426/1‑138 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTcc < 2:668426/138‑1 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTc > 2:640105/1‑149 (MQ=255) ccAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCCGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTCGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTc > 3:1381350/1‑149 (MQ=255) cAGCTGTTTTTTTAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggctgtctattcatcgtgttgataagatatatgttatatgaatgtttattaaatgtagcgattacctttaatgtcacgaaaagggattatttg < 3:1801476‑M2/149‑133 (MQ=255) aGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtta > 4:76297/1‑48 (MQ=255) aGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtta < 3:76297/48‑1 (MQ=255) aGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtta > 4:884116/1‑48 (MQ=255) aGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACgttatgtta < 3:884116/48‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTa > 4:79714/1‑128 (MQ=255) gCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTa < 3:79714/128‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa < 3:814218/140‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa > 4:814218/1‑140 (MQ=255) gTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCaaa > 2:12398/1‑149 (MQ=255) tttttttAAAGGCTGGGTATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTg < 2:1232535/122‑1 (MQ=255) tttttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTcc < 1:896624/131‑1 (MQ=255) tttttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTcc > 2:896624/1‑131 (MQ=255) tttttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAg > 2:236159/1‑149 (MQ=255) cttttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTg > 1:1232535/2‑122 (MQ=255) tttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATAtt < 4:48779/106‑1 (MQ=255) tttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATAtt > 3:48779/1‑106 (MQ=255) tttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTATTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTc < 3:1146041/125‑1 (MQ=255) tttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTATTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTc > 4:1146041/1‑125 (MQ=255) ttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa > 1:947354/1‑133 (MQ=255) ttttAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCaa < 2:947354/133‑1 (MQ=255) ttAAAGgctgggcattcggttgcttattaatcgcaataatatattggctgtctattcatcgtgttgataagatatatgttatatgaatgtttattaaatgtagcgattacctttaatgtcacgaaaagggattatttgcttactattaa > 4:617383‑M2/1‑6 (MQ=255) aaaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAtt < 4:569918/148‑1 (MQ=255) aaaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCAtt > 3:569918/1‑148 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTc > 1:686894/1‑102 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTc < 2:686894/102‑1 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGCTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCa > 2:767070/1‑135 (MQ=255) aaGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGCTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCa < 1:767070/135‑1 (MQ=255) | GCAAATAATCCCTTTTCGTGACATTAAAGGTAATCGCTACATTTAATAAACATTCATATAACATATATCTTATCAACACGATGAATAGACAGCCAATATATTATTGCGATTAATAAGCAACCGAATGCCCAGCTGTTTTTTTAAAGGCTGGGCATTCGGTTTTTACAACGTTATGTTATCAGGTGTGTTTAAAGCTGTTCTGCTGGGCAATACCCTGCAGTTTCGGGTGATCGCTGAGATATTTCAGGGAGGCTTTGTAGTCTTCCAGCAACAGTTCAGCAAAGTCCATT > NC_000913/3666002‑3666291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |