Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA NC_000913 4,208,231 T→A 19.5% noncoding (85/1542 nt) rrsE → 16S ribosomal RNA of rrnE operon

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_0009134,208,2310TA19.5% 104.1 / 21.8 46noncoding (85/1542 nt)rrsE16S ribosomal RNA of rrnE operon
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (18/19);  new base A (3/6);  total (21/25)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.61e-01

CCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTA  >  NC_000913/4208084‑4208265
                                                                                                                                                   |                                  
ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttg                                   >  2:521960/1‑149 (MQ=32)
 cAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                  >  2:1677/1‑149 (MQ=32)
 cAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                  <  1:521960/149‑1 (MQ=32)
   aGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgctt                                >  4:1221931/1‑149 (MQ=32)
     tctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                              >  3:201356/1‑149 (MQ=32)
     tctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                              <  1:914104/149‑1 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            >  3:584072/1‑149 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            >  2:272737/1‑149 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            >  4:538812/1‑149 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            <  3:24266/149‑1 (MQ=32)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            <  2:299875/149‑2 (MQ=12)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            >  1:299875/1‑148 (MQ=12)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            <  4:200109/149‑2 (MQ=17)
       tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            <  3:1741593/149‑2 (MQ=17)
        cAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcc                           <  2:349763/149‑3 (MQ=12)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            >  2:194045/1‑146 (MQ=12)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            >  4:1760215/1‑146 (MQ=12)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            <  1:194045/147‑2 (MQ=12)
         aaGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                            <  3:1760215/147‑2 (MQ=12)
            agTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGa                       >  2:1744204/1‑149 (MQ=32)
              tGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACg                     >  4:1652082/1‑149 (MQ=32)
                aaCACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            >  1:327684/1‑140 (MQ=33)
                aaCACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            <  2:327684/140‑1 (MQ=32)
                aaCACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAg                   >  1:49478/1‑149 (MQ=32)
                 acacGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGa                       <  2:177081/144‑1 (MQ=32)
                 acacGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGa                       >  1:177081/1‑144 (MQ=32)
                 acacGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGt                  >  4:1723110/1‑149 (MQ=32)
                     gTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCg              <  3:1723110/149‑1 (MQ=32)
                     gTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCg              >  1:1353172/1‑149 (MQ=32)
                      tAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGCTTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCgg             >  1:1761813/1‑149 (MQ=17)
                      tAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCgg             >  2:694041/1‑149 (MQ=32)
                         ttCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACg          <  3:1122520/149‑1 (MQ=32)
                         ttCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACg          <  1:1627204/149‑1 (MQ=32)
                          tCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg         >  3:1042558/1‑149 (MQ=32)
                          tCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg         <  3:1652082/149‑1 (MQ=32)
                          tCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg         <  1:1157033/149‑1 (MQ=32)
                           cATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACggg        >  3:440963/1‑149 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  3:1221931/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  3:899968/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  1:407438/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  4:432590/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  2:1761813/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  4:201356/149‑1 (MQ=32)
                            aTTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGt       <  1:694041/149‑1 (MQ=32)
                             ttACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAATTTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            >  4:1311144/1‑127 (MQ=17)
                             ttACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                            <  3:1311144/127‑1 (MQ=32)
                              tACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGa     <  4:691402/149‑1 (MQ=32)
                              tACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGa     >  1:815064/1‑149 (MQ=32)
                                 gAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgctt                                    >  4:1881442/1‑115 (MQ=11)
                                 gAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgctt                                    <  3:1881442/115‑1 (MQ=11)
                                 gAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTa  >  2:373647/1‑149 (MQ=11)
                                 gAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTa  <  4:1042558/149‑1 (MQ=11)
                                                                                                                                                   |                                  
CCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACGAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTA  >  NC_000913/4208084‑4208265

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑