| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,444,193 | A→C | 5.1% | T28P (ACC→CCC) | tamB → | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,444,193 | 0 | A | C | 5.1% | 422.9 / 11.1 | 119 | T28P (ACC→CCC) | tamB | translocation and assembly module for autotransporter export, inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/53); new base C (3/3); total (63/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATC > NC_000913/4444046‑4444340 | tGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcac < 4:1557288/149‑1 (MQ=255)tGCCGTACCGGTCGCGGAAAAAGACGAACACGGGGTACCGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAATAAAATCAGCCTCGGAGTGGTGATCGTTATCTTACTGTTGCCGGGATCGGTGGCGCTTCTGGTGGGcac < 2:1863544/149‑1 (MQ=255) tACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGTGCccacca < 1:832570/149‑1 (MQ=255) 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ggCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCaa < 2:1393815/149‑1 (MQ=255) caccacCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCgg > 3:999733/1‑143 (MQ=255) caccacCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATc > 1:1564577/1‑149 (MQ=255) caccacCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATc > 3:251919/1‑149 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGa < 1:480802/59‑1 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGa > 2:480802/1‑59 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGt < 2:103327/128‑1 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGt > 1:103327/1‑128 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCgg < 2:139061/142‑1 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCgg > 1:139061/1‑142 (MQ=255) | TGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATC > NC_000913/4444046‑4444340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |