| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,304,479 | C→G | 5.6% | P216A (CCG→GCG) | oppC → | oligopeptide ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,304,479 | 0 | C | G | 5.6% | 783.7 / 28.5 | 216 | P216A (CCG→GCG) | oppC | oligopeptide ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/105); new base G (8/4); total (107/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
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aTTCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGa > 1:50660/1‑149 (MQ=255) aTTCGCCACATTGTGCCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGt < 2:311234/103‑1 (MQ=255) ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCttt > 4:1762673/1‑77 (MQ=255) ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGAt > 4:1100159/1‑149 (MQ=255) ttCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCATTGCTGAGTGAt > 1:1807513/1‑149 (MQ=255) tCGGCACAATGTGGCGAATGTACTCGGTGTGGTGGTGGTCTACGCATCACTTCTGGTGCCCAGCATGATCCTCTTTGAATCTTTCCTTAGCTTCCTGGGGTTGGGTACGCAAGAGCCGTTAAGCAGCTGGGGTGCAtt > 1:387349/1‑138 (MQ=255) 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NC_000913/1304331‑1304627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |