| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,346,764 | A→C | 7.0% | intergenic (‑22/‑32) | gmr ← / → ymiB | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of RNase II stability/uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,346,764 | 0 | A | C | 7.0% | 348.8 / 17.3 | 100 | intergenic (‑22/‑32) | gmr/ymiB | cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase; csgD regulator; modulator of RNase II stability/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/53); new base C (3/4); total (43/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
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tttCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTtatat < 2:1770585/108‑1 (MQ=255) gatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGaaa < 4:886472/149‑1 (MQ=255) gatgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGaaa < 2:1154809/149‑1 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGaaa < 1:1197254/66‑1 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGaaa > 2:1197254/1‑66 (MQ=255) tgCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGAAAGt < 2:768266/149‑1 (MQ=255) gCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGaa < 3:674332/64‑1 (MQ=255) gCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGaa > 4:674332/1‑64 (MQ=255) atatCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAAc > 3:658879/1‑79 (MQ=255) atatCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAAc < 4:658879/79‑1 (MQ=255) cctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTta < 4:107360/90‑1 (MQ=255) cctccGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTta > 3:107360/1‑90 (MQ=255) ggTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGAAAGTCAGTTAAAAAAt > 4:21177/1‑149 (MQ=255) aGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTtata > 1:1659345/1‑80 (MQ=255) aGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTtata < 2:1659345/80‑1 (MQ=255) | ACGATCAGGTTCTGTGGTTTCGGTGGTAGAAAAGCGCAAAACATCGCTGCTTTCCGTCAACCGCCAGTATGGATTGTGCGATCCGAGAAAGTTGTACAACGTTGTGGACTCCCTAACGGTTTTCATGATGCATATCCTCCGGTTAACAGCGGAGTCCGCGGTTAAATAAAAGGAACAACATGACTTACATGAAATTAACGGCGGCTAAACGCATTGTTTTTTTTATATATTTATTTGTAATCCAGTTTTGGAAAAACGCCAGTTTTCAAACGAAAGTCAGTTAAAAAAT > NC_000913/1346617‑1346905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |