| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 344,704 | A→T | 5.9% | K177* (AAA→TAA) ‡ | yahL → | uncharacterized protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 344,704 | 0 | A | T | 5.9% | 429.4 / 12.1 | 118 | K177* (AAA→TAA) ‡ | yahL | uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/60); new base T (3/4); total (54/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATGATGCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTG > NC_000913/344558‑344850 | atgatgCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTaaa < 3:848514/149‑1 (MQ=255)atgatgCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTaaa < 1:1489024/149‑1 (MQ=255) tgatgCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAg < 1:1203802/149‑1 (MQ=255) tgatgCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAg 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4:1795680/3‑111 (MQ=255) tctttCCCTTTAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGattatt < 1:689963/108‑1 (MQ=255) ttCCCTTTAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACt < 1:1167862/149‑1 (MQ=255) cccTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTgg < 1:312233/149‑1 (MQ=255) cTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTg > 2:1149469/1‑149 (MQ=255) cTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTg > 2:1098143/1‑149 (MQ=255) tAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGagacagac > 4:517208/1‑67 (MQ=255) tAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGagacagac < 3:517208/67‑1 (MQ=255) tAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGattat < 1:914734/101‑1 (MQ=255) tAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGattat > 2:914734/1‑101 (MQ=255) | ATGATGCGTTTCTTGATATTAAAGCAAACGTGCAGGCTGGACGCTTTACCGGGCTTAAGAAATTAGTGCAGTTTATCGATTCAGTGCGAACAGATTGCAAATGTATTCTTCTTGAATACCATATGCCTTTGCTGAGAATTTTCCCTAAAGGGAAAGAGTGTATGCATGTGGAAAAATGGCTTCGCGAAATGTCGTCTATTCCGGAGACAGACGCGCCCATTAAGCAGGCGCTTGCGCATGGATTATTATTACACTTAAAAAATATCTACCCTGTTTTTCCTGAATCACTGGTG > NC_000913/344558‑344850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |