| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,448,050 | C→A | 5.3% | G34C (GGC→TGC) | rplN ← | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,448,050 | 0 | C | A | 5.3% | 935.4 / 25.2 | 256 | G34C (GGC→TGC) | rplN | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (116/126); new base A (6/8); total (122/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GCATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447902‑3448198 | aTTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTg > 3:718240/1‑149 (MQ=255) cATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAg < 4:1121102/149‑1 (MQ=255) tCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTa > 2:87483/1‑146 (MQ=255) tCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTa 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aGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCAc > 3:494495/1‑149 (MQ=255) ggCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTg < 1:542920/149‑1 (MQ=255) gCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTAGGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGa > 4:38600/1‑132 (MQ=255) gCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGa < 2:200377/149‑1 (MQ=255) gCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGa < 2:458398/149‑1 (MQ=255) 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tcgcTACGCAGGCGTAGTCGACGGGGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGa > 3:1621876/4‑149 (MQ=255) cTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAAt > 3:540847/1‑149 (MQ=255) aCGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGTCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCa < 2:1438743/149‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCa < 2:634080/85‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCa < 3:425383/149‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCa < 4:1404772/149‑1 (MQ=255) 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NC_000913/3447902‑3448198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |