| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,448,051 | T→G | 5.2% | A33A (GCA→GCC) | rplN ← | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,448,051 | 0 | T | G | 5.2% | 967.0 / 31.3 | 263 | A33A (GCA→GCC) | rplN | 50S ribosomal subunit protein L14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/130); new base G (6/8); total (125/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
ATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447904‑3448198 | aTTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTg < 4:366408/149‑1 (MQ=255)aTTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTg > 3:718240/1‑149 (MQ=255) cATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAg > 1:335436/1‑149 (MQ=255) tCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTa 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ttGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAactacta < 3:1830446/147‑1 (MQ=255) ttGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAactacta > 4:1830446/1‑147 (MQ=255) gatgatGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTga > 4:1686388/1‑149 (MQ=255) gatgTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCa > 4:859637/1‑92 (MQ=255) gatgTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGAc > 1:958317/1‑149 (MQ=255) tCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGa > 3:554968/1‑149 (MQ=255) tcgcTACGCAGGCGTAGTCGACGGGGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGa > 3:1621876/4‑149 (MQ=255) cTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAAt > 3:540847/1‑149 (MQ=255) aCGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCa < 3:1210536/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAg < 2:95120/149‑1 (MQ=255) gCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCAcc < 3:1781918/60‑1 (MQ=255) gCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAactactac > 2:1813147/1‑131 (MQ=255) cTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAactacta > 4:1846028/1‑128 (MQ=255) cTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGAccc < 4:1724346/137‑1 (MQ=255) cTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGAccc > 3:1724346/1‑137 (MQ=255) cTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTc > 4:321448/1‑149 (MQ=255) | ATTACCATCGAAGCGAATGACAGAACCGTCCGGGCGACGAACACCCTTCTTGGTGCGCACCACTACCGCCTTCAGCACATCACCTTTTTTGACCTTACCACGCGGAATTGCTTCTTTGATGGTGATCTTGATGATGTCGCCTACGCCTGCGTAG‑CGACGGTGCGAGCCACCCAGAACCTTGATACACATTACGCGACGTGCACCGGAGTTGTCGGCGACGTTCAGCATAGTCTGTTCTTGGATCATTTTAGTGCTCCGCTAATGTCAACTACTACTGAGACCCGAAAATCAGGTC > NC_000913/3447904‑3448198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |