| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,594,071 | T→C | 5.4% | T46A (ACG→GCG) | livG ← | branched‑chain amino acid ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,594,071 | 0 | T | C | 5.4% | 618.0 / 14.1 | 180 | T46A (ACG→GCG) | livG | branched‑chain amino acid ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (90/80); new base C (4/6); total (94/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
ATTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGTTTTTCCGGCACCGTTAGGGCCGATTAACGAGACGATCTCCTGCGGGTACAGTTCAAGATTGACGTTGTTCACCGCCAGCAGGCCGCCGAAGCGCATCATCAGGCCGTTAACAGATAATAATGGCTGACTCATGCCTGCTCTCCTT > NC_000913/3593923‑3594219 | aTTTCACGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGt < 1:1809101/149‑1 (MQ=255) aCGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGttt > 2:464632/1‑149 (MQ=255) aCGGAACAGACGCACATGCTGGAAGGTGCGCACCACGCCCATGCGGGCAATTTGCTGCCCCGGTAAACCTTCCAGGTGCTGATCGCGCAGTAAAATGGTGCCGCCGGTGGGTTTGTAGAATCCGGTCAGACAGTTAAAAACCGTGGttt > 4:1670191/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |