| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,639,165 | T→C | 5.8% | intergenic (+24/+220) | pitA → / ← uspB | phosphate transporter, low‑affinity; tellurite importer/universal stress (ethanol tolerance) protein B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,639,165 | 0 | T | C | 5.8% | 763.3 / 23.0 | 223 | intergenic (+24/+220) | pitA/uspB | phosphate transporter, low‑affinity; tellurite importer/universal stress (ethanol tolerance) protein B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/116); new base C (4/9); total (98/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GTAGATGGTGGCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGCGGGCTGTACTGGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAGAGATTATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAG > NC_000913/3639019‑3639304 | gtAGATGGTGGCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGCGGGCTGTACTGGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTCa > 2:34799/1‑149 (MQ=255) aGATGGTGGCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGAGGGCTGTACTCGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTCAGc > 4:1167505/1‑149 (MQ=255) gtggCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGCGGGCTGTACTGGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTCAGCTGGcc < 1:1147282/149‑1 (MQ=255) tggCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGCGGGCTGTACTGGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTc > 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1:1593514/75‑1 (MQ=255) cAAAACGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAGAGATTATGTAGGc > 2:1146067/1‑132 (MQ=255) aaaaCGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAAc > 1:1439052/1‑74 (MQ=255) aaaCGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAgaga < 3:900461/120‑1 (MQ=255) aaaCGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAgaga > 4:900461/1‑120 (MQ=255) aaGCGGGCCAGCTGACCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACa > 2:627058/2‑92 (MQ=255) ggTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAGAGATTATGTAGGCCTGATAAg < 4:1263354/129‑1 (MQ=255) ggTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAGAGATTATGTAGGCCTGATAAg > 3:1263354/1‑129 (MQ=255) | GTAGATGGTGGCGGCTTACAGCGTAAAACCGTGACCAGCATTCTGATGGCCTGGGTGTTTACCCTTCCGGCTGCGGTACTGCTTTCCGGCGGGCTGTACTGGCTCTCCTTGCAGTTCCTGTAATCGTACGCACCAAAACGAGCGGGTCAGCTGGCCCGCTTCAGATTGTGACATAGTGCGCTTTGTTCATGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAAACATGCAAATTCAATAGATTGCAGAGATTATGTAGGCCTGATAAGCGTAGCGCATCAG > NC_000913/3639019‑3639304 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |