Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,657,599 | 0 | T | A | 16.3% | 303.8 / 48.4 | 110 | intergenic (+32/+387) | hdeD/arrS | acid‑resistance membrane protein/antisense sRNA ArrS, function unknown |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/49); new base A (8/10); total (51/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.65e-01 |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATT > NC_000913/3657451‑3657741 | cTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACt < 1:1397120/149‑1 (MQ=255) cTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACt < 3:105937/149‑1 (MQ=255) ttGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACtt > 1:102821/1‑149 (MQ=255) ttGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACtt < 2:102821/149‑1 (MQ=255) ttGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAACAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACtt < 2:821282/149‑1 (MQ=255) tGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtg < 3:1131334/149‑1 (MQ=255) gCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtgt > 2:1191716/1‑149 (MQ=255) gCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtgt < 2:649270/149‑1 (MQ=255) cAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGAtgtg > 3:80837/1‑149 (MQ=255) 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aCCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGattat < 4:702555/113‑1 (MQ=255) ggATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCAtt > 4:1422741/1‑84 (MQ=255) ggATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCAtt < 3:1422741/84‑1 (MQ=255) tCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTaa < 4:85563/130‑1 (MQ=255) tCATAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCa > 3:45186/1‑149 (MQ=255) aTAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCaaa > 4:314770/1‑149 (MQ=255) tAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTCGTAGATCAATTgcg > 3:1096557/1‑68 (MQ=25) tAGTCACATCAAGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTCGTAGATCAATTgcg < 4:1096557/68‑1 (MQ=25) aGTCACTTGGTGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAgtgt < 4:162622/52‑1 (MQ=255) aGTCACTTGGTGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAgtgt > 3:162622/1‑52 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAtt > 1:60754/1‑64 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAAtt < 2:60754/64‑1 (MQ=255) aGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAAtt > 2:272187/1‑149 (MQ=255) tCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATc > 2:284632/1‑121 (MQ=255) tCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATc < 1:284632/121‑1 (MQ=255) cTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTAc > 4:1435552/1‑83 (MQ=255) ttGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc > 4:127826/1‑62 (MQ=255) ttGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTgcgc < 3:127826/62‑1 (MQ=255) | CTTGGTGCAACGCCGATGGTGTCTGTAACGCTGGTTTCCACACTGGTGGGAATTGAACTGATATTTAGCGCCGCCAGCCTGTTCAGCTTCGCCAGTTTGTTCGTTAAGCAGCAATAATTACCCCGGTTGTCACCCGGATCATAGTCACTTGATGTGACTATGATCCGATTAATACTCTCTCCGCTACGCAGTGTTGTAGATCAATTGCGCACTATCATTGAAATAATTACCTGCTAGTGATTATTTCAACCTACTGAATTTCATCTAATTTTTTTCACTCTATGGCAAATT > NC_000913/3657451‑3657741 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |