| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,778,879 | T→C | 5.7% | V494A (GTC→GCC) | lldP → | L‑lactate permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,778,879 | 0 | T | C | 5.7% | 3380.3 / 116.1 | 978 | V494A (GTC→GCC) | lldP | L‑lactate permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (441/481); new base C (25/31); total (466/512) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 996 total aligned reads displayed.
TTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCT > NC_000913/3778731‑3779027 | ttctCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGt < 1:647595/149‑1 (MQ=255) ctcGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCa < 4:1659061/149‑1 (MQ=255) gCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCg > 1:1052808/1‑149 (MQ=255) ttCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTaa > 1:823362/1‑149 (MQ=255) cTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAgat < 1:1132854/149‑1 (MQ=255) cTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGACGCCGCCGGtg > 2:524936/1‑144 (MQ=255) tCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGTGTCACCGGTAAgatg > 3:675569/1‑149 (MQ=255) tCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAgatg > 2:376837/1‑149 (MQ=255) ggctggctGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAgatgat < 2:1269752/149‑1 (MQ=255) ctggctggGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGAtct < 2:17784/149‑1 (MQ=255) ctggctggGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGACGCCACCgg > 2:1437141/1‑138 (MQ=255) tggctggGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGAtctc < 1:376837/149‑1 (MQ=255) gggggTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGc > 4:26985/1‑149 (MQ=255) gggggTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGc > 1:513288/1‑149 (MQ=255) ggTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAAt > 4:1578094/1‑149 (MQ=255) cgTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAgatgat < 3:1233751/137‑1 (MQ=255) gTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATc < 2:1321829/149‑1 (MQ=255) gTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGACGCCACCGGtg < 4:1452415/130‑2 (MQ=255) 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ttGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGc > 4:551555/1‑135 (MQ=255) ttGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTg > 4:1355618/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTg > 3:1389721/1‑149 (MQ=255) tGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGtata < 4:1796910/149‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCttt < 3:107744/114‑1 (MQ=255) ttGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATc > 2:1718161/1‑134 (MQ=255) cgccAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCg > 3:1760330/1‑149 (MQ=255) aaTACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGAt < 1:1793990/149‑1 (MQ=255) aTACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATc < 2:1190635/125‑1 (MQ=255) ccaccGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATcacc < 2:823362/149‑1 (MQ=255) caccGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGa < 3:456782/87‑1 (MQ=255) accGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTc > 2:246080/1‑93 (MQ=255) accGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTc < 1:246080/93‑1 (MQ=255) accGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGtata > 1:594713/1‑132 (MQ=255) gCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAg < 1:966612/149‑1 (MQ=255) gCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAg < 1:1417027/149‑1 (MQ=255) gTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGc > 3:1294468/1‑105 (MQ=255) tCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGAt > 4:501620/1‑109 (MQ=255) | TTCTCGCCGTTCCTCGGCTGGCTGGGGGTATTCCTGACCGGGTCGGATACCTCATCTAACGCCCTGTTCGCCGCGCTGCAAGCCACCGCAGCACAACAAATTGGCGTCTCTGATCTGTTGCTGGTTGCCGCCAATACCACCGGTGGCGTCACCGGTAAGATGATCTCCCCGCAATCTATCGCTATCGCCTGTGCGGCGGTAGGCCTGGTGGGCAAAGAGTCTGATTTGTTCCGCTTTACTGTCAAACACAGCCTGATCTTCACCTGTATAGTGGGCGTGATCACCACGCTTCAGGCT > NC_000913/3778731‑3779027 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |