| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,991,334 | T→A | 5.6% | I61N (ATT→AAT) ‡ | cyaA → | adenylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,991,334 | 0 | T | A | 5.6% | 1614.2 / 59.6 | 440 | I61N (ATT→AAT) ‡ | cyaA | adenylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (208/207); new base A (10/15); total (218/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 455 total aligned reads displayed.
TGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAGT > NC_000913/3991187‑3991482 | tGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAtt < 3:329483/149‑1 (MQ=255) gATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTg > 3:1314991/1‑149 (MQ=255) aTGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGc < 1:1194403/149‑1 (MQ=255) ccATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCtt < 1:363733/149‑1 (MQ=255) tCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGc < 4:394519/149‑1 (MQ=255) aTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCtg > 2:1815116/1‑149 (MQ=255) aTTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttggg < 3:916158/143‑4 (MQ=255) ttGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCtga > 4:101312/1‑149 (MQ=255) tGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCtgat < 3:671342/149‑1 (MQ=255) tGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCtgat < 2:1642439/149‑1 (MQ=255) tgtgGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGaaa < 4:1785730/149‑1 (MQ=255) tgtgGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGaaa < 2:926652/149‑1 (MQ=255) aTCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAtt > 3:1516973/1‑122 (MQ=255) tCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCAAATGCCtttgg < 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gCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTg > 3:1160955/1‑149 (MQ=255) cTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGTGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGcc < 2:1085466/102‑1 (MQ=255) cTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGaa > 1:1661062/1‑149 (MQ=255) tGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAAc < 3:1137254/149‑1 (MQ=255) tGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAAc > 1:1422995/1‑149 (MQ=255) cAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCGACGCCACTACCTGAACGAGCTTGaa > 4:1661667/1‑141 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taaaGGCAAATGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGa < 1:663957/101‑1 (MQ=255) cAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAg < 3:802508/85‑1 (MQ=255) aaaGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAgg < 4:1731520/149‑1 (MQ=255) aaaGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAgg > 1:1213762/1‑149 (MQ=255) aaGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAg < 1:1332101/83‑1 (MQ=255) gCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATgg < 3:429585/126‑1 (MQ=255) 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TGGATGCCATAAATCAATTGCGTGTGGATCGCGCGCTTGCTGCTATGGGGCCTGCATTCCAACAGGTCTACAGTCTACTGCCGACATTGTTGCACTATCACCATCCGCTAATGCCGGGTTACCTTGATGGTAACGTTCCCAAAGGCATTTGCCTTTACACGCCTGATGAAACTCAACGCCACTACCTGAACGAGCTTGAACTGTATCGTGGAATGTCAGTACAGGATCCGCCGAAAGGTGAGCTTCCAATTACTGGTGTATACACCATGGGCAGCACCTCGTCCGTAGGGCAAAGT > NC_000913/3991187‑3991482 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |