| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,764,695 | A→G | 5.6% | intergenic (‑309/+18) | sufA ← / ← rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,764,695 | 0 | A | G | 5.6% | 232.5 / 3.1 | 71 | intergenic (‑309/+18) | sufA/rydB | Fe‑S cluster assembly protein/novel sRNA, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/28); new base G (2/2); total (41/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAG > NC_000913/1764424‑1764964 | cATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGaca > 2:508085/1‑274 (MQ=255) aaaaCATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCg > 4:268524/1‑259 (MQ=255) cATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAc < 2:268528/259‑1 (MQ=255) taaGCATAGACCCTGATGGGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTAACTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataa < 2:169067/275‑1 (MQ=255) 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2:202752/1‑275 (MQ=255) cATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGCCTGTGTCGCACAGACTTaa < 8:330053/149‑1 (MQ=255) tGTTAGATAATGGTAATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTAATGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTCCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCAACCGGAGCGTATCTCCGGCACTCTCAGTGCCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGAGTAGTATTATTTTTGaa < 2:190520/275‑1 (MQ=255) ttAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑g < 7:357297/145‑1 (MQ=255) ttAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑g > 8:357297/1‑145 (MQ=255) aaTGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTAcc 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aTTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca > 4:263573/1‑219 (MQ=255) aGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCAct < 4:533126/149‑1 (MQ=255) aGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACaaa < 2:263577/219‑1 (MQ=255) gtgATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCa > 2:320823/1‑275 (MQ=255) 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aTAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCt > 8:359505/1‑149 (MQ=255) aGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGctct > 2:364629/1‑115 (MQ=255) ggTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGCCATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GTGTTTCTACCCCATCCGTCGCTTACCTCCGGCACTCTCACTGGCTTAGCTCTTGAAGTGGCGATAAGAATAATCTCATAATGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGTCGTTAGATCAGCAGCATTAAGCAGGTAATCGAACCTGGACGGAGTTGAATACAGGTCGATTTGGCGAACTTGCg > 4:90911/1‑274 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat < 8:105913/133‑1 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGaataat > 7:105913/1‑133 (MQ=255) tAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAAccc > 5:449585/1‑149 (MQ=255) aaaaaaGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGaa < 4:364624/115‑1 (MQ=255) gCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca < 7:241919/149‑1 (MQ=255) gCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAaca < 5:156941/149‑1 (MQ=255) cGTTCATAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCTGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCt < 2:382731/92‑1 (MQ=255) ttCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACaa > 5:140827/1‑149 (MQ=255) ttCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTAtt > 4:76067/1‑201 (MQ=255) gAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTaaga < 2:76068/201‑1 (MQ=255) acaaTAAGATAACCCTGAAGTCTGTGCGACACAGGTTTAA‑GTGGTTCTCCCCCCTCCGTCGTTTTGCTCCGGCACTCTCAGTTGTTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCa < 4:202749/273‑1 (MQ=255) aaaTAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGc > 6:277682/1‑149 (MQ=255) 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aaGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTGGCAGGGGCGATAAGATTAATCTCATAAAGCTAACACGCCGTTTTAACACAAACGGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATAACAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTAATTGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCCAACTTGCCGCATTAATTCAGGAGCAATGCACGCCCAAACGACaaggc > 4:428628/1‑271 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa > 5:207384/1‑149 (MQ=255) tCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGaa < 6:381079/149‑1 (MQ=255) aggcacagACCCAGGTGTAA‑GGGTTCNNNCCCCGTCCGGGCTTTTTCTCCGGCACTCTCTTTGTCTTGACTCTTGCAGGGGCTATCAGAATAATCTCATAAATCTCACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAAAATCCGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAAGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCa < 3:154004/265‑1 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAAc > 1:33930/1‑105 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTaa > 2:308621/1‑117 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACACTATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAATTCAGGATCAATGCCCGCCAAGACTCCAGCCAAAGTAg > 2:4249/1‑275 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCt > 1:38582/1‑192 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCgg > 4:329982/1‑231 (MQ=255) gtgCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTANTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTANATTTGGCGAATTTGCGGCATTAAGTTAGGANNAATGCACGCACAGCCCCCAGGCAAAATAg > 3:57771/1‑275 (MQ=255) gACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACccgc < 3:33930/105‑1 (MQ=255) gACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCAtt < 2:329986/231‑1 (MQ=255) | CATGTTAGTGATAATGATTATCAGTTCAACCCAGCAAACGCAGGGGCTTTACCGTAAAACATGCTTTTTGCCTGCTTTTAATAAGCATAGACCCTGATGTGTGGGTTAACAGGCACGCTAAGAATTAGGTATCTCATTGTTAGATAATGGTTATTATCTAAGGAGCATTAAGGCTGTGATGAAAAAGAAAAAGTTGTATTGAAAATGACTATTTAAGAGATAGGTAAAAAAGTGCAGCGTTCAGAAATAAGAAAACCCTTAAGTCTGTGCGACACAGGCTTAA‑GGGTTTCTACCCCATCCGGCGCTTATCTCCGGCACTCTCAGTGGCTTAGCTCTTGAAGGGGCGATAAGAATAATCTCATAAAGCTAACCCGCCGTTTTAACACAAACTGCGATTAGTATTATTTTTGAACAATATCAGGCGGTAGATAAGCAGTATTAAGAAGGTCATCGAACCTGGACGGAGGTTAATCCAGGTCGATTTGGCGAACTTGCGGCATTAAGTCAGGATCAATGCACGCCCAGACGCCAGGCAAAGTAG > NC_000913/1764424‑1764964 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |