Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,880,851 | T→A | 5.3% | intergenic (‑92/+35) | leuE ← / ← dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,880,851 | 0 | T | A | 5.3% | 394.9 / 9.5 | 114 | intergenic (‑92/+35) | leuE/dmlR | leucine efflux protein/transcriptional activator of dmlA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/55); new base A (2/4); total (55/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.79e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TACCGCATCGCCAATAAATACACCGCAGGCCGCAAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCGGGTAGTGCTCGGCAAAATACTGGCGTAAAAATTCTACCGTTATCCGCACTTTCGCTGACGTCGCCAGCCTTGAAACATAAACGGCCCAGACGTTCGCTGGCTGGTAATATTCCGGTAGCACTTGCACTAAATGACCACTGGCAATGTTTTCGCTAACATCCCACCAGGAACGCAGAGCAATCCCCTGCCCATCGAGACACCA > NC_000913/1880592‑1881113 | tACCGCATCGCCAATAAATACACCGCAGGCCGCAAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCCGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATTCTCGATTAAAGGTCAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAACGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAAc > 1:100660/1‑275 (MQ=255) ccAATAAATACACCGCAGGCCGCAAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACGCAATAAAAATTGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTg < 1:156205/275‑1 (MQ=255) cAGGCCGCAAGATAACCGCCTTTAATACAGATACTGACGCTAT‑CTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCACCACAATAAAAATGGACCCAACCAAATAGGACCAGTAATTCAGAAGCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTACTTATCTTTCGATCATGCGCGAATAAACGTGCATATGCTAACCAATCTGAAGCCGCTTACAAAGGACAAAATAAGCTTTTCACATGATTCCAACCCTAAAATTTAATCCTTAATCAGGc > 4:434053/1‑275 (MQ=255) gCCGAAAGATAACCGCCTTTCAGTCCCCTNATGACGCTGT‑TTTTTAGTACAAACGNGGTAGTTGGCCCTAGAACCAACAAAATAAAAAGTGCCCCAACCAGATAGGTTCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGANCACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATTCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATg < 3:100660/275‑1 (MQ=255) ccGCAAGATAACCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAAccc < 2:41957/248‑1 (MQ=255) aaCCGCCTTTCATACCGCTACTGACGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAACTCAGGTTTTAACCTTATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGCCTTGATCCAGGGaa > 4:484215/1‑275 (MQ=255) gCCTGTCCTACCGCTACTGACGATATGTTNNGTGT‑CAACCCGAGAATTTTGCCCTGGGACCNAAACAATAAAAAGGGCCCCAACTCGATAGGTCCAGTAATTCCGAACCCCGTATGCAGCGAACACATTAACCTCTNTAAATATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTGACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAAt < 3:66921/275‑1 (MQ=255) 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cGCTAT‑TTTTGAGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGAAAAATTCggg < 4:68435/260‑1 (MQ=255) aGTACAAACAGGGTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTATTTAATAATCTTTAGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAACCTGTAGCGGCTGAGAAAGGAGAAAATAAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTAAATCATTAATCAGGCAGGCTCCGGTGAAAACTTCGGTTCGTGCTCGGCAAATTACGGGAGTaa > 4:354411/1‑275 (MQ=255) ggTATTTGGCCCTGGCACCAACACAATAAAAATGGCCCCAACCAGATAGGTCCAGTAATTCAGAACCCCGTATTCAGCGAACACATTAACCTCTTTAATTATCTTTCGATCATGCGCGATTAAAGGTGAATATGCTAACCAATCTGTAGCGGCTTAGAAAGGAGAAAATCAGGTTTTAACCTGATATCAACCCGATAATTGAATCATTAATCAGGCATGCTCCAGTGaa > 2:257876/1‑229 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |