| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,532,272 | T→A | 12.1% | intergenic (+48/‑137) | cysZ → / → cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,532,272 | 0 | T | A | 12.1% | 287.4 / 25.1 | 98 | intergenic (+48/‑137) | cysZ/cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/44); new base A (7/5); total (49/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
TCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCATTCTGGCGAAGGTGGAATCTCGTAACCCCAGCTTCAGCGTTAAG > NC_000913/2532004‑2532534 | tcaacttttGCGGTTACCCCTTCGGTAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGATGTTCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATTACCAATATGCAGTTTGGGGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGGGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATgcc < 4:467788/268‑1 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aCCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCATTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATATGGGTCGATTGCTATCGCGATAAAAACGAGATGGTGCGGTAAACATCTACCGGTCATTTGTTAAACCGTTTGTTTGAAACATGGGTGGCTTGTTTCACCACTTAttaccta > 4:268348/1‑270 (MQ=255) aCCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATc > 2:299541/1‑275 (MQ=255) aCCCCTTCGATAACCACAAAGCGCCGTTTACAGAGATGCGCACCGCCCTTCGCACCCGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACACGCCAGTATACGCGGATCCCGCTGCTTAATCTATTCNTCATGCCCGTTCCCGTTTGTGGCGCGACGGATCTTTTGGTCGATCGCTGTCGCGATAAACACGAGATGCNGCTGTAACACTCTACCGGTGATTTTGTAAACGGTTTGTTTGGCACNANGTGTGCTTCTACCTCCCATTATTACATc > 3:46827/1‑275 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |