| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,532,275 | T→A | 9.5% | intergenic (+51/‑134) | cysZ → / → cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,532,275 | 0 | T | A | 9.5% | 302.7 / 19.5 | 95 | intergenic (+51/‑134) | cysZ/cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/45); new base A (4/5); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.86e-02 | |||||||||||
TCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCATTCTGGCGAAGGTGGAATCTCGTAACCCCAGCTTCAGCGTTAAGTGCCGTATCGGTGCC > NC_000913/2532004‑2532549 | tcaacttttGCGGTTACCCCTTCGGTAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGATGTTCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATTACCAATATGCAGTTTGGGGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGGGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATgcc < 4:467788/268‑1 (MQ=255)tCCAGGATTGAGATTACCCCTTCGATAACCCCAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCATTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATgcc < 4:164566/275‑1 (MQ=255) agacaggATTACCCCGCCTATAACCAAANNNTGCCGGTTAAAGAGGTGCGCACCGCCCTGCGCACACGAAAAATCACCAGTATGCAGTTTGGTGTTTTAACCGGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGccc < 3:139537/268‑1 (MQ=255) ttGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAACATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGGTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCtt > 2:108095/1‑275 (MQ=255) 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TCCAGTATTGCGATTACCCCTTCGATAACCACAAAGTGCCGTTTAAAGAGATGCGCACCGCCCTGCGCACACGCAAAATCACCAATATGCAGTTTGGTGCTTTAACCAGCCTGTTTACGATGATCCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTTGAAGATAACTCGCTGACTATCGGTCACACGCCGCTGGTTCGCCTGAATCGCATCGGTAACGGACGCATTCTGGCGAAGGTGGAATCTCGTAACCCCAGCTTCAGCGTTAAGTGCCGTATCGGTGCC > NC_000913/2532004‑2532549 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |