| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,033 | 0 | C | A | 10.8% | 227.7 / 17.3 | 76 | intergenic (+23/+33) | eamB/grcA | cysteine and O‑acetylserine exporter/autonomous glycyl radical cofactor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/32); new base A (3/5); total (38/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-03 | |||||||||||
CAGTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACT > NC_000913/2715762‑2716276 | cAGTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGACAGTATGGTCGCAAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGcccg > 2:453639/1‑274 (MQ=255) aTCATTTTGTACGTGGTTACGGCACTGTGGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGGGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTg < 2:119250/275‑1 (MQ=255) cGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGTTCGCCCTCTTCCGCTTAGTCACTTGC‑TACTTAATCCTTACAgg > 2:230100/1‑274 (MQ=255) ggCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGGGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑t < 2:339594/275‑1 (MQ=255) cccTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAAGTGGGGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑ttt < 2:50383/273‑1 (MQ=255) cTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCGGGGTAGTTGGCGCCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTTCTTTCTTGCCGGTCTACTTCGCGGTACGCATCTTCTATTAACGAAACAACGCGGAAGAGGTCGCTGTCTGCCGTGTAGTCA‑TTGCGTACCTAAGCCTTACAGAC‑tttta > 4:437534/1‑273 (MQ=255) cGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCctc < 2:284993/230‑1 (MQ=255) 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aCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt > 6:440680/1‑149 (MQ=255) aCGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGAt < 7:438822/149‑1 (MQ=255) cGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATg > 8:273270/1‑149 (MQ=255) ggAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGa > 8:380260/1‑73 (MQ=255) ggAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGa < 7:380260/73‑1 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCgg > 7:26784/1‑149 (MQ=255) ggAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCgg > 7:356039/1‑149 (MQ=255) gAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTaaa < 8:299810/61‑1 (MQ=37) gAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTaaa > 7:299810/1‑61 (MQ=255) aaGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGat < 8:356039/149‑1 (MQ=255) gagGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGGGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGatat < 5:440680/149‑1 (MQ=255) gCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTcc < 8:204677/149‑1 (MQ=255) | CAGTTTGTGAACGTCAAAATCATTTTGTACGGTGTTACGGCACTGTCGACGTTTGTTCTGCCGCAAACACAGGCGTTAAGCTGGGTAGTTGGCGTCAGCGTTTTGCTGGCGATGATTGGGACGTTTGGCAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGC‑TACTTAAGCCTTACAGGC‑TTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCA‑‑‑GCTGCGGATATTTTTCCGGATGCTTAACTGCATCTTCCAGAGTTTCGCGACGCAGAACGTTAACGTTCAGGTGTTGACCACCTTCAACGCGAACTTCTGGTTTCACTTCTACT > NC_000913/2715762‑2716276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |