| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,223,855 | G→A | 6.0% | A10T (GCG→ACG) | metH → | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,223,855 | 0 | G | A | 6.0% | 375.3 / 8.9 | 116 | A10T (GCG→ACG) | metH | homocysteine‑N5‑methyltetrahydrofolate transmethylase, B12‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/57); new base A (4/3); total (56/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGAACGAAGCCGATTTTCGTGGTGAACGCTTTGCCGACTGGCCATGCGACCTCAAAGGCAACAACGACCTGCTGGTACTCAGTAAACCGGAAGTGATCGCCGCTATCCACAACGCCTACTTTGAAGCGGGCGCGGATATCATCGAAACCAACACCTTCAACTCCACGACCATTGCGATGGCGGATTACCAGATGGAATCCCTGTCGG > NC_000913/4223603‑4224128 | ttgtttgtggaaaTGGGGGCGACCATGAAAGTTTCTTTTTTTTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATGTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTc < 4:417201/263‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |