| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 756,643 | T→A | 7.4% | I246N (ATT→AAT) | sdhA → | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 756,643 | 0 | T | A | 7.4% | 258.0 / 9.4 | 81 | I246N (ATT→AAT) | sdhA | succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (40/35); new base A (3/3); total (43/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
ATTTTCTCCGAGTGGTATGCGCTGGATCTGGTGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCGAAATCCGTGAAGGTCGCGGCTGTGATGGTCCGTGGGGGCCACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCG > NC_000913/756384‑756910 | aTTTGCTCCGGGGGGTATGCGCTGGATCTGGGGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGt < 1:124518/275‑1 (MQ=255) ttttCTCCGAGTGGTATGCGCTGGATCTGGTGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTa < 2:335821/275‑1 (MQ=255) tcCGAGTGGTATGCGCTGGATCTGGTGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAGACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACACCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGAAGTTCCCCCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCTTAGTGGt > 1:122492/1‑275 (MQ=255) cGAGTGGTATGCGCTGGATCTGGTGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCAACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTTCCGGCGTACCGGTTCAGGATATGGAAATGGGGCAGTTCCACCCGACCGGAATTGCCGGGGCGGGGGTACAGGTCa > 4:316731/1‑275 (MQ=255) ggTTGTCCCTCACTGGGCATCGAAACCGGTGCAGGGGTGTAATTCAAAGCCCGCGCCACCGGGCTGGGTACTGGCGGGGGAGGGCGGAATTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTCTCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGa < 4:26706/275‑1 (MQ=255) gTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGa < 1:110132/274‑1 (MQ=255) tACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCACCGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCTGCCTACCTGTTCAGGACATGGCAACGTGGCCGTTCCCCCCGCCCCGCATTCCCCGTTCGGGCGTACTCGCCACCGAAGCTTGCCGTTGTGAACGCCGCTACCTGCTGACCACAACTGGCCAACGtc > 4:235702/1‑274 (MQ=255) 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(MQ=255) gCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATg < 7:54041/149‑1 (MQ=255) aTGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGa < 5:155646/149‑1 (MQ=255) tATCCGTGACGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCGAAATCCGTGAAGGTCGCGGCTGTGATGGTCCGTGGGGGCCACACGCGAAACTGAAACTCGATCAc < 2:349798/274‑1 (MQ=255) cGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATgc < 6:451856/149‑1 (MQ=255) cGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGa > 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ggAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGc < 5:213967/116‑1 (MQ=255) gAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCg < 7:104251/149‑1 (MQ=255) tgGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCGAAATCCGTGAAGGTCGCGGCTGTGATGGTCCGCGGGGGCCACACGCCAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCggttct > 1:3053/1‑271 (MQ=255) gCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTgg > 7:71419/1‑149 (MQ=255) gCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTgg < 5:5489/149‑1 (MQ=255) 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aTTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGAt > 6:462990/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGttt < 7:157334/79‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGttt > 8:157334/1‑79 (MQ=255) | ATTTTCTCCGAGTGGTATGCGCTGGATCTGGTGAAAAACCAGGATGGCGCGGTGGTGGGTTGTACCGCACTGTGCATCGAAACCGGTGAAGTGGTTTATTTCAAAGCCCGCGCTACCGTGCTGGCGACTGGCGGAGCAGGGCGTATTTATCAGTCCACCACCAACGCCCACATTAACACCGGCGACGGTGTCGGCATGGCTATCCGTGCCGGCGTACCGGTGCAGGATATGGAAATGTGGCAGTTCCACCCGACCGGCATTGCCGGTGCGGGCGTACTGGTCACCGAAGGTTGCCGTGGTGAAGGCGGTTATCTGCTGAACAAACATGGCGAACGTTTTATGGAGCGTTATGCGCCGAACGCCAAAGACCTGGCGGGCCGTGACGTGGTTGCGCGTTCCATCATGATCGAAATCCGTGAAGGTCGCGGCTGTGATGGTCCGTGGGGGCCACACGCGAAACTGAAACTCGATCACCTGGGTAAAGAAGTTCTCGAATCCCGTCTGCCGGGTATCCTGGAGCTTTCCCG > NC_000913/756384‑756910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |