| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 850,996 | C→A | 5.4% | intergenic (+31/+18) | ompX → / ← opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 850,996 | 0 | C | A | 5.4% | 313.9 / 7.4 | 94 | intergenic (+31/+18) | ompX/opgE | outer membrane protein X/OPG biosynthetic transmembrane phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/46); new base A (2/3); total (45/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.68e-02 | |||||||||||
GGGCAAGCATCTACGGTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTA‑CGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTCCGAGATGGTTGTAATCCACCTTCTGTAACTGGAAGTTGGTGATGTATATCGGCCCGGCTTTCTTCTCAGATATAAACGGGTATTTGATGTTAATTTCCTTCGCTTTAATCCCCGTCCACTGGGAGAAAAAGCCTAAGAAGTCATTGGCTGAGCGGCGGGCTTTAATCACACGATGCGCTTTATCGTCGCTGGAAATGACCATAAAAGGCACCTGGA > NC_000913/850745‑851258 | gggCAAGCATCTACGGTGTAGTGGGTGTGGGTTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTA‑CGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCCCCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATACCTTTGGTGATATAAACAATCCCCCTCGCGGGGGCGATTTTTGTTTTTAAgt > 4:372243/1‑274 (MQ=255) 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agtgtggtagtgtTATGGTTAATTCCANNCCACTGAGTACCGGACATACAAACGCGACANCATCGACTA‑CGTTTTATCCTGCGGTGCGGGTCTTTAGGTCAACCCGATGGAACACGTTGCTCTTGACTTCTCTTNCGAGCAGAGACGTATTCGTAGCGTGGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGGGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTACGGTTTCGGGTCGAAAatat < 3:60454/262‑1 (MQ=255) gtgtgggtTATGGTAAATTCCAGACCACTGAATACCCGACCTACAAACACGACACCAGCGACTA‑CGGTTTCTCCTACGGTGCGGGTCTGCAGTTCAACCCGATGG‑AAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGAGCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGTTcc > 2:74971/1‑274 (MQ=255) ttgggtTACGAAAAATTCCAACCCNNTGAATCACCGACCTACAAACAAGAAACCAGNGACTA‑CGGTTTCGCCTGCGGGGCGGGTCGGCAGTTCAACCCGATGGAAAACGTTGCTCTGGACTTCTCTTACGANCAGAGCCGTATTCGTAGCGTTGACGTAGGCACCTGGATTGCCGGTGTTGGTTACCGCTTCTAATCACTTTGGTGATATAAAAAATCCGCCTCTCGGGGCGGATTTTTGTTTTTAAGGTTTCGGGTCGAAAATATCGGt < 3:59481/269‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |