| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,409 | T→A | 6.5% | L15Q (CTA→CAA) | lpxK → | lipid A 4'kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,409 | 0 | T | A | 6.5% | 305.9 / 7.5 | 91 | L15Q (CTA→CAA) | lpxK | lipid A 4'kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/42); new base A (2/4); total (45/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.54e-01 | |||||||||||
TACCTCGGCTCTGGATACCGAATCCGAACGTGCGATTCAGGCGGCACTGGATGAGTTGCAGAAAAACCGTACCTCTCTGGTGATTGCCCACCGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGCCTGGCGTGCCCCCGTACCGGTTGTCGTGGTTGGTAATCTCACCGCAGGCGGCAACGGAAAAACCCCGGTCGTTGTCTGGCTGGTGGAACAGTTGCAACAGCGCGGTATTCGCGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACA > NC_000913/968141‑968679 | tACCACGGCGTTGAAAACCGAATCCGAACGTGCGATTCAGGCGGCACTGGATGGGTTGCAGAAAAACCGTACCTCTCTGGTGATTGCCCACCGCTTGACTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCTTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGAACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATtgc < 2:381732/274‑1 (MQ=255) acGAACGTGCGATTCAGGCGGCACGGGATGAGTTGCAAAAAAACCGTACATCTCTGGTGATTGCCCACCGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGcc < 2:381831/274‑1 (MQ=255) gTTGCAGAAAAACCGTAACTCTCTGGTGATTGCCCACTGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAACTCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTCCTTGAGCACCTCGGCGTTTACGCGCACCTTAACAAAATGCAGTTTGGCCAATGCTCGAAAAAAGCTGGCCTGGTGAATCACCTTGGTGTCGGCTATTTCTCACACTCTCCTGGCTGTATGGCCTGGTTAGTGGCGCGTGCGGTCTTTGCtctca > 4:190874/1‑271 (MQ=255) aaaCCGTACCTCTCTGGTGATTGCCCACCGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGCTCCGTCTTTGCTCTAAACTAAAACt > 2:179903/1‑275 (MQ=255) tctctGGTTATTGCCCGCTCCTTGGCGA‑CNTTGAAAAGGGCGGACGAATTCGTGGNGGTCGGGGATGGGGTCATTTTGGAAACCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACANAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGCTATAAACTAAAACTGAAGCGCGcc < 3:97385/275‑1 (MQ=255) cACCGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTAt < 1:30329/183‑1 (MQ=255) aCCGCTTGTCTACCATTGAAAA‑GGCAGACGAAATCGTGGTCGTCGAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCAATCCGTCTTTGCTATCAACTAAAACTGAAGCGCTCCTGGCGTTCCCCCGTAc > 2:256393/1‑275 (MQ=255) 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(MQ=255) gAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTCTGTGGCGGCTATTGCTGCCActc < 7:13172/149‑1 (MQ=255) gAGGATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACACATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCActc < 7:319901/149‑1 (MQ=255) ggATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaag < 5:172768/149‑5 (MQ=255) ggATGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCAGCAATAGCCGCCAcaaag < 7:55716/149‑5 (MQ=255) tGGTGTCATTGTGGAACGCGGTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTg < 5:179194/149‑1 (MQ=255) 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gTACGCATAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCActct < 3:148090/125‑1 (MQ=255) tAACGATTTGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGAGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGAt > 7:269059/1‑149 (MQ=255) tGCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCttt < 6:178445/149‑1 (MQ=255) gCTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTg < 8:46316/149‑1 (MQ=255) cTTGAGCACCGCGGCGTTTACGCGCAACTTCACAAAATGCAGTTTGGCCAATGATCGAAAAAATCTGGTCTGGTGAATCCCCTTTGTGGCGGCTATTGCTGCCACTCTCCTGGTTGTATGGCCTGGTGAGTGGCGCGATCCGTCTTTGc < 6:33212/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |