| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,462,029 | T→C | 11.2% | G379G (GGT→GGC) ‡ | paaJ → | 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,462,029 | 0 | T | C | 11.2% | 251.0 / 18.1 | 89 | G379G (GGT→GGC) ‡ | paaJ | 3‑oxoadipyl‑CoA/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA thiolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/41); new base C (5/5); total (41/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
TGGAACCGCGCCTGATGGGGCTTGGTCCGGTGCCTGCAACTCGCCGGGTGCTGGAACGCGCAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAGTTACAGGCGTTGCAAACACAGCGTCTGAAATGGACGCTCAAACACGCGTATGAAAATGTGCCGATGTATCGGCGCAAATTCGACGCAGCAGGCGTACATCCTGATGATTTCAGGGAACTTTCAGAC > NC_000913/1461761‑1462301 | tGGAACCGCGCCTGATGGGGCTTGGTCCGGTGCCTGCAACTCGCCGGGTGCTGGAACGCGCAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTAc < 1:63950/275‑1 (MQ=255) 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cgcAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTTCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCCTCGGTGTCGGTCCGGGCATCGCCATGATTCCGGAGCgt > 2:276832/1‑274 (MQ=255) cAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTAc > 4:354975/1‑215 (MQ=255) cAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCgtgt < 2:476976/274‑1 (MQ=255) 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atccagcccTGTGATGGATCGGCGTAAAGAGCGTTACGGAATGTGGACCGTGGTAATCGGTGTCGGACAGGGCATCAGCATGATGCTGGAGCGTGTTTGAACATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGAGAACCAGTAAAAAGCTTGACCCAATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAGTTACAGGCGGTGCAAACACAGCGTCTGAAATGGACGCTCAAACACGCGTATGAAAATGTGCCGATGTATCGGCGCAAATTCGACGCAGCAGGCGTACa < 4:276828/273‑1 (MQ=255) cagccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGAccc > 5:393778/1‑149 (MQ=255) gccaTGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCGATACAAAGCTTGACCCGa < 5:361416/149‑1 (MQ=255) cATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCt > 2:227194/1‑130 (MQ=255) aTCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATTATAACCAATACAAAGCTTGACACGATTGAAACCGCGt > 6:33095/1‑149 (MQ=255) aTCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGa < 8:147931/137‑1 (MQ=255) aTCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGa > 7:147931/1‑137 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGAt < 5:81583/110‑1 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGAt > 6:81583/4‑113 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTg > 5:24490/4‑130 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTg < 6:24490/127‑1 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGt < 8:458680/145‑1 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGt > 7:458680/4‑148 (MQ=255) aatgCGTAACGACCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTc > 7:162742/4‑149 (MQ=255) tgCGTAACGACCGTTACGCAGTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTg > 6:121053/2‑149 (MQ=255) ggCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGAc < 4:227190/130‑1 (MQ=255) 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gCGTAACGGGCGTTACGCATTGGGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAGTTACAGGCGTTGCAAACACAGCGTCTGAAATGGACGCTCAAACACGCGTATGAAAATGTGCCGATGTATCGGCGCAAATTCGACGCAGCAGGCGTACATCCTGATGATTTCAGGGa < 2:297969/272‑1 (MQ=255) aaCGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGGTTGAAACCGCGTCTGTtgat > 5:245634/1‑149 (MQ=255) gTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGTCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAGTTACAGGCGTTGCAAACACAGCGTCTGAAATGGACGCTCAAACACGCGTATGAAAATGTGCCGATGTATCGGCGCAAATTCGACGCAGCAGGCGTACATCCTGATGATTTCAGGGAACTTTCAGAc < 2:498573/274‑1 (MQ=255) | TGGAACCGCGCCTGATGGGGCTTGGTCCGGTGCCTGCAACTCGCCGGGTGCTGGAACGCGCAGGGCTGAGTATTCACGATATGGACGTGAT‑TGAACTGAACGAAGCGTTCGCGGCCCAGGCGTTGGGTGTACTACGCGAATTGGGGCTGCCTGATGATGCCCCACATGTTAACCCCAACGGAGGCGCTATCGCCTTAGGCCATCCGTTGGGAATGAGTGGTGCCCGCCTGGCACTGGCTGCCAGCCATGAGCTGCATCGGCGTAACGGTCGTTACGCATTGTGCACCATGTGCATCGGTGTCGGTCAGGGCATCGCCATGATTCTGGAGCGTGTTTGAGCATATCAACCTGCGAGTACCCTACAATGATAACCAATACAAAGCTTGACCCGATTGAAACCGCGTCTGTTGATGAGTTACAGGCGTTGCAAACACAGCGTCTGAAATGGACGCTCAAACACGCGTATGAAAATGTGCCGATGTATCGGCGCAAATTCGACGCAGCAGGCGTACATCCTGATGATTTCAGGGAACTTTCAGAC > NC_000913/1461761‑1462301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |