| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 87,887 | C→T | 5.8% | intergenic (+39/‑141) | ilvH → / → cra | acetolactate synthase 3, small subunit, valine‑sensitive/transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 87,887 | 0 | C | T | 5.8% | 338.3 / 7.7 | 104 | intergenic (+39/‑141) | ilvH/cra | acetolactate synthase 3, small subunit, valine‑sensitive/transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/49); new base T (3/3); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGGTTACGGGCGTGACGAAGTGAAACGTAATACGGAAATATTCCGTGGGCAAATTATCGATGTCACACCCTCGCTTTATACCGTTCAATTAGCAGGCACCAGCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCG‑GCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTG > NC_000913/87638‑88157 | cGGTTACGGGCGTGACGAAGTGAAACGTAATACGGAAATATTCCGTGGGCAAATTATCGATGTCACACCCTCGCTTTATACCGTTCAATTAGCAGGCACCAGCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCG‑GCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCAAACATTTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATTAGt > 4:389099/1‑275 (MQ=255) 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cg‑gcgATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTGTTTTTGCGAAATCAGTAGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAg < 2:172343/274‑1 (MQ=255) cgggaaTAAAAGAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATGTACAGCCCAACATTTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAg < 2:113173/269‑1 (MQ=255) gcgATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAAc < 6:232398/149‑1 (MQ=255) cgATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCt > 8:139352/1‑123 (MQ=255) cgATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCt < 7:139352/123‑1 (MQ=255) tAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTaa < 5:328396/135‑1 (MQ=255) tAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTaa > 6:328396/1‑135 (MQ=255) atGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTAGCGGACCACTGCAAGCTAGTTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCg > 2:469451/1‑274 (MQ=255) gCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACa < 7:337718/149‑1 (MQ=255) 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tCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGaa > 7:298924/1‑149 (MQ=255) | CGGTTACGGGCGTGACGAAGTGAAACGTAATACGGAAATATTCCGTGGGCAAATTATCGATGTCACACCCTCGCTTTATACCGTTCAATTAGCAGGCACCAGCGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCG‑GCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCTTTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTGGATGAAATCGCTCGGCTGGCGGGAGTGTCGCGGACCACTGCAAGCTATGTTATTAACGGCAAAGCGAAGCAATACCGTGTGAGCGACAAAACCGTTGAAAAAGTCATGGCTGTGGTGCGTG > NC_000913/87638‑88157 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |