| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,798,234 | A→T | 6.8% | intergenic (+27/+5) | waaL → / ← waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,798,234 | 0 | A | T | 6.8% | 664.1 / 27.8 | 188 | intergenic (+27/+5) | waaL/waaU | O‑antigen ligase/lipopolysaccharide core biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (90/85); new base T (7/6); total (97/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.04e-01 | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGG > NC_000913/3798088‑3798382 | ggCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTaaa > 4:128379/1‑149 (MQ=255) tgtgGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 3:128379/149‑1 (MQ=255) gggATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActtc < 3:102631/149‑1 (MQ=255) gATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtctt > 1:474557/1‑149 (MQ=255) ttGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTAt < 1:446239/149‑1 (MQ=255) cTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCtata < 1:179718/149‑1 (MQ=255) tCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 4:62953/135‑1 (MQ=255) tCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtctt > 3:114654/1‑141 (MQ=255) tCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATAc > 1:270277/1‑149 (MQ=255) gtgatgtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAAc > 2:100076/1‑149 (MQ=255) tgtgatCATATGGGTACGCAGAATTCCAATTCTCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCTTAACAATACAAGTAATTTAGAATAAACAAGATTATGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTaa < 3:295288/149‑1 (MQ=255) tgtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTaa < 4:373008/149‑1 (MQ=255) gtgatCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAt < 2:437622/149‑1 (MQ=255) cATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCtt < 2:270277/149‑1 (MQ=255) cATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCtt < 3:473439/149‑1 (MQ=255) atatGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt < 2:327877/124‑1 (MQ=255) tatGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCAATACAACTTAATCTCTTTa > 1:310435/1‑149 (MQ=255) atGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTAc > 3:434734/1‑149 (MQ=255) atGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTAc < 1:341777/149‑1 (MQ=255) cACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAt > 4:455277/1‑149 (MQ=255) cACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAt > 2:80190/1‑149 (MQ=255) gcagcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAtc > 3:37736/1‑134 (MQ=255) gcagcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAt > 3:132224/1‑133 (MQ=255) gcagcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAt < 4:132224/133‑1 (MQ=255) gcagcaTTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAg < 3:242725/149‑1 (MQ=255) ttCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTAt > 4:324083/1‑113 (MQ=255) cAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGttt > 3:81338/1‑149 (MQ=255) aTTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCa < 2:291982/149‑1 (MQ=255) tCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTAt > 4:124972/1‑149 (MQ=255) aTTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCActtc > 3:453195/1‑98 (MQ=255) aTTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATAc < 4:87341/108‑1 (MQ=255) aTTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCg > 2:269938/1‑149 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCtt < 4:173347/120‑1 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAAtt > 3:273490/1‑129 (MQ=255) ttATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGa > 1:243095/1‑149 (MQ=255) tatCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCa < 1:391112/139‑1 (MQ=255) tatCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCa > 2:391112/1‑139 (MQ=255) tatCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGatat > 4:383919/1‑149 (MQ=255) tCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTAc > 3:393882/1‑118 (MQ=255) cGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAtc < 2:136493/109‑1 (MQ=255) cGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCttt > 2:249652/1‑149 (MQ=255) cTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa < 1:269938/149‑1 (MQ=255) tCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGtat > 4:111327/1‑149 (MQ=255) ccTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGtata < 3:469832/149‑1 (MQ=255) ctctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTa > 1:118892/1‑105 (MQ=255) ctctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTa > 3:347893/1‑105 (MQ=255) ctctTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTAcc > 3:461264/1‑143 (MQ=255) ttACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGtt < 3:385358/149‑1 (MQ=255) aCTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgg < 4:434734/149‑1 (MQ=255) cTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCAc < 3:321244/71‑1 (MQ=255) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTTTAACTCActt < 2:380683/72‑1 (MQ=38) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa < 4:40122/134‑1 (MQ=255) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa > 3:40122/1‑134 (MQ=255) tCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTgggg > 1:152602/1‑149 (MQ=255) gTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGAt > 3:141540/1‑149 (MQ=255) tCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGaa > 3:205239/1‑100 (MQ=255) tCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGaa < 4:205239/100‑1 (MQ=255) aataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTACAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGCGATACTAtt < 2:314049/149‑1 (MQ=255) ataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt < 4:292949/149‑1 (MQ=255) ataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt < 1:100076/149‑1 (MQ=255) ataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt < 2:474557/149‑1 (MQ=255) ataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt < 1:80190/149‑1 (MQ=255) ataatCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt < 2:179112/149‑1 (MQ=255) taatCGTAACAATAAAATTAAATAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTg < 1:249652/149‑1 (MQ=255) atCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGta > 3:219129/1‑149 (MQ=255) aaCAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGAt > 1:422892/1‑149 (MQ=255) caatacaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGAttt > 1:167502/1‑149 (MQ=255) aatacaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTCAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGta < 2:407622/141‑1 (MQ=255) atacaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTat < 1:278965/149‑1 (MQ=255) acaatTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTatga < 1:201869/149‑1 (MQ=255) aattaattAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAATCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTaaa < 4:122822/87‑1 (MQ=255) ttaattaaGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATgatgat > 1:103910/1‑149 (MQ=255) ttacGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCgg > 2:304523/1‑149 (MQ=255) aGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGtata < 3:95904/129‑1 (MQ=255) aGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGa < 4:219129/149‑1 (MQ=255) gAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCgg < 4:465725/145‑1 (MQ=255) aaCAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAAtc < 1:325082/52‑1 (MQ=255) aCAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa > 2:208194/1‑93 (MQ=255) aCAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTa < 1:208194/93‑1 (MQ=255) gTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCgg > 3:156027/1‑135 (MQ=255) gTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCgg < 4:156027/135‑1 (MQ=255) gTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt < 4:141540/149‑1 (MQ=255) gatAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGTTTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATg > 3:22546/3‑149 (MQ=255) aagaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGa < 2:159174/149‑1 (MQ=255) aagaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGa < 2:200698/149‑1 (MQ=255) gaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAg > 1:35476/1‑148 (MQ=255) gaagTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAgg < 3:124227/149‑1 (MQ=255) aagTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAggg > 4:392205/1‑149 (MQ=255) gTGAGTTTTAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTAttt > 1:141520/1‑104 (MQ=255) gTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGa < 1:297759/129‑1 (MQ=255) tGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg < 3:357369/91‑1 (MQ=255) tGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTg > 4:357369/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATAtt > 4:259339/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAAt < 1:432273/136‑1 (MQ=255) gTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTc > 3:179357/1‑149 (MQ=255) gTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTc > 4:447851/1‑149 (MQ=255) ttAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTcc > 2:145180/1‑149 (MQ=255) tAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCg < 2:243095/149‑1 (MQ=255) aaaaCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCgg > 2:353167/1‑149 (MQ=255) aaaaCTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCgg < 4:26586/149‑1 (MQ=255) | GGCATTGTGGGGATTGGACTCAGTGATGTGATCATATGGGCACGCAGCATTCCAATTATCATTATATCCGCTATAGTCCTCTTACTCGTCATTAATAATCGTAACAATACAATTAATTAAGAATAAACAAGTTTAAGAAGTGAGTTAAAACTCACTTCTTATCTATACAACTTAATCTCTTTACTGAATTAGTTAAAGTTTCAGTATCGATATCTTTTACCGTATATGTTGGGGATACTATTTGTATAGATTTATGATGATTCGGGGACCAAATTAAATGCGAGGGATATTCCGG > NC_000913/3798088‑3798382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |