| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,138,472 | G→T | 7.0% | T188T (ACC→ACA) | gldA ← | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,138,472 | 0 | G | T | 7.0% | 194.8 / 5.3 | 57 | T188T (ACC→ACA) | gldA | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/24); new base T (2/2); total (31/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
TGTTCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCA > NC_000913/4138324‑4138614 | tgtTCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCAtggtg > 2:324227/1‑149 (MQ=255)tgtTCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCAtggtg < 4:363031/149‑1 (MQ=255) ttCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATggtggt < 1:431829/149‑1 (MQ=255) ttCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATggtggt > 1:293582/1‑149 (MQ=255) gCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACACTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTcgc > 3:306782/1‑149 (MQ=255) ttCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCgcgc > 3:381688/1‑149 (MQ=255) tCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTa > 1:320401/1‑149 (MQ=255) cACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTAc > 1:15545/1‑149 (MQ=255) aCGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACg > 4:360208/1‑149 (MQ=255) 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tCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTTGTCGCGCCGCTAc < 4:13780/129‑1 (MQ=255) tCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTTGTCGCGCCGCTAc < 2:17030/129‑1 (MQ=255) tCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTTGTCGCGCCGCTAc > 1:17030/1‑129 (MQ=255) tCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTTGTCGCGCCGCTAc > 3:13780/1‑129 (MQ=255) aCTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCaaa > 4:39018/1‑149 (MQ=255) aCTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCaaa > 2:366353/1‑149 (MQ=255) 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cGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAgc > 2:199005/1‑149 (MQ=255) aagcaTCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGc < 4:262768/149‑1 (MQ=255) gcaTCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCg > 2:331294/1‑149 (MQ=255) caTCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGa < 4:73021/149‑1 (MQ=255) tCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATa > 3:242351/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCcgccgc > 1:379948/1‑149 (MQ=255) tCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCcgccgc > 4:346100/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTaa > 1:58128/1‑149 (MQ=255) cttcttCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAAc > 4:186879/1‑149 (MQ=255) cttcttCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAAc < 4:306782/149‑1 (MQ=255) 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gtAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAg > 1:120802/1‑149 (MQ=255) cacaGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAACCCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGcgac < 2:120802/149‑1 (MQ=255) cacaGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCcgccgc > 3:323655/1‑122 (MQ=255) cacaGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCcgccgc < 4:323655/122‑1 (MQ=255) gTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGAATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGAtt > 2:208343/1‑149 (MQ=255) tCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGAtttt < 3:186879/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGgt > 4:276102/1‑149 (MQ=255) tGCCAGCGCAGCCTGGGTTCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCGGGCCCGCGCTTCAAACCAGGTTGCAAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGa < 1:324227/149‑1 (MQ=255) cAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACaa < 2:320401/149‑1 (MQ=255) ggcAGCCGGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGGCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGAATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGa < 4:67029/148‑1 (MQ=255) cgcAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGa < 3:360208/149‑1 (MQ=255) gcAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGAc < 1:194905/149‑1 (MQ=255) gTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGcga > 4:316014/1‑118 (MQ=255) gTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGcga < 3:316014/118‑1 (MQ=255) gTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCgg < 3:39018/149‑1 (MQ=255) gTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCgg > 4:166524/1‑149 (MQ=255) cACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGtt > 3:250863/1‑149 (MQ=255) aCTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTa > 4:115989/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTAttt > 3:454465/1‑149 (MQ=255) tGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTAttt < 4:250863/149‑1 (MQ=255) ccgcccgcCATGGTGGTCGCGCCGTTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTATTTgg < 2:15545/149‑1 (MQ=255) cATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTATTTGGCAAcagca > 4:231653/1‑149 (MQ=255) | TGTTCGCTTCAATCACGCGCTCCAGCGCCGGAGTCACTACATGCTGTTCGGCAGCAAGCATCGCTTTTTCGCCTTCTTCCAGCAGGGTGTTGTAGCACAGTTCAGCCAGTGCCAGCGCAGCCTGGGTGCACTTGCCGCCCGCCATGGTGGTCGCGCCGCTACGAGAGCAGGCACGCGCTTCAAACCAGGTTGCCAGCGCATCGCCGATACCCGCCGCTAACAGACGTGCAGGTGCGCCAGCGACGATTTTGGTGTCGACAATGACCATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCA > NC_000913/4138324‑4138614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |