| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,239,610 | C→G | 5.3% | intergenic (+65/‑334) | alx → / → sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,239,610 | 0 | C | G | 5.3% | 587.4 / 18.3 | 169 | intergenic (+65/‑334) | alx/sstT | putative membrane‑bound redox modulator/sodium:serine/threonine symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (75/85); new base G (5/4); total (80/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.12e-02 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
CTGCTGGCGGGCGTAGCAGAGCGTTTCTCGATGCTCAAATATGGCCTGGCGGTGATTCTGGTGTTTATCGGTATCAAGATGCTGATTGTCGACTTCTACCATATTCCAATCGCCGTCTCGCTGGGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGG‑TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTA > NC_000913/3239339‑3239877 | ctgctgGCGGGCGTAGCAGAGCGTTTCTCGATGCTCAAATATGGCCTGGCGGTGATTCTGGTGTTTATCGGTATCAAGATGCTGATTGTCGACTTCTACCATATTCCAATCGCCGTCTCGCTGGGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGG‑TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCa < 2:45425/274‑1 (MQ=255) 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5:683147/1‑149 (MQ=255) cATTAACATGAGCACCTTTTTCTCCCTCTCCCTTCCGGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt < 5:63848/149‑1 (MQ=255) tAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGa > 7:443444/1‑126 (MQ=255) aaCATGAGCACCGTTTTCTCCCGCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACTCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtca < 5:922494/149‑1 (MQ=255) acctggcgaCCGTTTTCCCCCCCACCCTTCCAGGGGGGGGGTCGGGGGAGGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGCCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCGTGATTGTTATGTCAAAGAAATGTAAACATTAAGTTTCAAAATATCACCTCTCTGTAAGATCCAGCATTTTTCTCGTCACGAAGCTGTAACTTTCCTTATACt < 4:142932/267‑1 (MQ=37) acctGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCC‑TTTTTGATGTTGtcatc < 6:378074/146‑1 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ctccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACt < 2:322777/275‑1 (MQ=255) cctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGCACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGGAGCCGCACg > 7:425037/1‑148 (MQ=255) ctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGtt > 5:438023/1‑149 (MQ=255) ctctccctGGAAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGt > 8:743693/1‑148 (MQ=255) tctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGtt > 8:824525/1‑148 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CTGCTGGCGGGCGTAGCAGAGCGTTTCTCGATGCTCAAATATGGCCTGGCGGTGATTCTGGTGTTTATCGGTATCAAGATGCTGATTGTCGACTTCTACCATATTCCAATCGCCGTCTCGCTGGGCGTGGTGTTTGGCATTCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGG‑TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTATTTTTATGTCAAAGAAATGTAACCATTAAGTTTCAAAATATGACCTCTCTTTAAAATCCAGCATTTTTCGCTTCCCGAAGCTGTAACTTTCCTTATACTCGACCTTGCAAACACTTTGTTA > NC_000913/3239339‑3239877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |