Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 847,214 | T→A | 5.0% | intergenic (‑95/+44) | glnP ← / ← glnH | glutamine transporter subunit/glutamine transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 847,214 | 0 | T | A | 5.0% | 700.0 / 17.1 | 204 | intergenic (‑95/+44) | glnP/glnH | glutamine transporter subunit/glutamine transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (104/87); new base A (4/7); total (108/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.62e-01 |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TAAAGACCAGCGCGACGTGGTTGGCTATCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGT‑CACGCAGCTCGTCGCTACCTTTCGGGAACGCAATACCGTATTGCTGCGCTTCCAGAGAGTCACCTACCGCTTTGAACTGACCGTTACCGGCGGTTTTGATGAAGTACAGAATGTTTGGCGTATCGTGCAGAACGGCGTCTGCGC > NC_000913/846945‑847490 | tAAAGACCAGCGCGACGTGGTTGGCTATCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCCTA‑ggg > 4:414274/1‑274 (MQ=255) ctacgccgACGTCGTCTGCTATCCCACCGCCGAATGTGCGTGCAACACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAAGCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCGGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATGATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAggg < 4:687201/269‑1 (MQ=255) ccAGCGCGACGTGGGTGGCTATCCAACCGCCGAAGGGGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAggg < 4:29831/275‑1 (MQ=255) aCGTGGTTGGCTATCCAAACGCCGAAGGTGCGTGAAAAACCATGCAGGAATCCGATTACCGAACCGCAGTCCGGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGGACATTCGATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCAGAGGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAAGTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCa < 4:552277/275‑1 (MQ=255) cGTGGTTGGCTATCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCCTATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAACTAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCC‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAg > 2:230165/1‑275 (MQ=255) tATCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGGGCGTTTTACAGgt > 1:19607/1‑279 (MQ=255) tATCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGGGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTa < 4:530247/274‑1 (MQ=255) tCCAACCTCCGAAGGTGCGTGCAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATG‑TGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGtt > 4:332201/1‑268 (MQ=255) cgtgcAAAAGCGGGCAGAAATCCGACTACCAGACAGCCTGCCAGACCGAGGAGCGAAATCCACAGGGTCATGTTGGAAGCTTCAATCAGAAGCGGAATGGGAGGCCAGATGGCACGCCAGTTAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCACCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAAGCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTAttt < 4:78555/275‑1 (MQ=255) cgtgcAAAACCTGCCAGCAATCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATTGCCCCGGA‑GCGGGCTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATG‑GGGGAGGGGGACCTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTAttt > 2:188083/1‑275 (MQ=255) aTCCGATTACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACNGTGGTGTAAATACTCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTCCGCCCCTCCCCCTCATCCNCT‑CCCCATA‑GGGGGGCGGGAACTGCCCGTGCGGTTTCAATGGGTANCNCTTTTATTTCGGTTCAGTACCCAACCAttttt > 3:61888/1‑279 (MQ=255) tACCAGACCGCCTGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGt < 2:559550/275‑1 (MQ=255) tGCCAGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGt < 4:250720/275‑1 (MQ=255) aGACCGAGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCTCCCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTa < 4:570014/214‑1 (MQ=255) aGGACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCTCCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGCTTTCGTTGTAAGTTCCGtt > 2:522604/1‑275 (MQ=255) gACCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAgga > 1:41159/1‑186 (MQ=255) aCCGAAATCCACAGGGTCATTTTGGCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTg < 2:298917/197‑1 (MQ=255) gCACCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGATAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTTCAGGTGTCGCTTTCTTATTTCGGTTCAGTACCGTACCCTTTTTTGTAGATTTCGTTTTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAATGCGcctt > 2:352115/1‑272 (MQ=255) aCCTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCAt > 5:843120/1‑149 (MQ=255) ccTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATa < 5:439336/149‑1 (MQ=255) cTTCAATCAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑g > 5:656134/1‑149 (MQ=255) cAGAAGCGGAATGGCAGGCCAGATGGCACTCCAGTCAAACTGCATATGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCTAT‑GGGgaga < 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aaaCTGCATCTGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑CGGGAGCGGGAACTTCCAGTTCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTTAGTACCGAACCTTTTTTTGTAGCTTTCGTTGTAAGTTTCGTTCCAGCGACGGCTTTTCAACCCGCCGTTGCCTTTTTCCACTC‑GCTCGTCGGTCCCTTTCGGGACCCCAATcccc > 4:122435/1‑273 (MQ=255) tatGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGt > 6:459417/1‑149 (MQ=255) atGTTGTTCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCAGTACCGAACCATTTTTTGTAGATTTCGTTGTAAGTTCCGTTCTCGCGCAGGGTTTTCAACGCGCCGTTGACTTTGT‑CACGCAGCTCGTCGCTACCTTTCGGGAACGCAATACCGTATTGCTgcg < 2:709422/275‑1 (MQ=255) ttgttCCTGTTACCGTGGTGTAAATAATCAAATTCAGGGTAATTAATGGCCCCGGA‑GCGGGTTTGCGCCCCTCACCCTAATCCTCT‑CCCCATA‑GGGGAGAGGGAACTGCCAGTGCGTTTTACAGGTGTAGCGTTATTATTTCGGTTCa > 8:1052666/1‑148 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |