Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,155,440 | A→G | 12.0% | Q106R (CAG→CGG) | tmk → | thymidylate kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,155,440 | 0 | A | G | 12.0% | 418.4 / 37.2 | 151 | Q106R (CAG→CGG) | tmk | thymidylate kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (67/64); new base G (6/12); total (74/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
AAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGTTACCCCGGAAGTTGGCTTAAAACGCGCGCGTGCGCGCGGCGAGCTGGATCGTATTGAGCAAGAATCTTTCGATTTCTTTAATCGCACCCGCGCCCGCTATCTGGAACTGGCAGCACAAGATAAAAGCATTCATACCATTGATGCCACCCAGCCGCTGGAGGCCGTGAT > NC_000913/1155169‑1155713 | ttatggtgtggtTGGGACGGCCAGGCAACTGGGNCTCCGCACCATGGTTTTCACTCGAGNACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATGACCGNTAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCGGGCGTATCAGGGCGGCGGACg < 3:145626/272‑1 (MQ=255) gagaCGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGTCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGTCGGCCGTGGTATTGACCa > 1:134338/1‑278 (MQ=255) gaCGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCCCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGCCGTGGTATTGAcc > 2:287172/1‑275 (MQ=255) cGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCCCTCCACCCAGGCGGATCAGGGCGGCGGCAGTGGTATTGACCaa > 4:107791/1‑275 (MQ=255) cAACTTGGTTCCCTCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACCAAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGc < 2:229192/274‑1 (MQ=255) gttcccGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTAAGGAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTTGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGACGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAaca < 4:709722/271‑1 (MQ=255) gTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAaca < 4:338366/275‑1 (MQ=255) 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aaaagttggaagaccTGGTGAGGGTTATAAAATCGGTAGGCGAGTAAGTCCTTACCGAAAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTCTGCCTCGGGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTAtct < 4:464854/261‑1 (MQ=255) aGTTAAGGAGCCTGTTGGTGGATTGGTAAGAGGTGGCCGATGAATGCATTACCGATAAAGCGGAAGTTCTGATGTTGTAGGCCCGGCGCGTTCAACGGGTAGAAACCGTCACCAAGCCAGGTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTAAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGAt < 4:364935/275‑1 (MQ=255) ttAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGt < 4:114098/275‑1 (MQ=255) 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tcatcaAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGTTACCCCGGAAGTTGGCTTAAAACGCGCGCGTGCGCGCGGCGAGCTGGATCGTATTGAGCAAGAATCTTTCGATTTCTTTAATCGCACCCGCGCCCGCTATCTGGaa > 2:68580/1‑275 (MQ=255) atcaAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACtt > 5:521564/1‑149 (MQ=255) aaaCCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCGGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGTTACCCCGGAAGTTGGCTTAAAAcgcg < 2:741950/190‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGct < 7:567618/148‑1 (MQ=255) 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AAAACTACCGCGCGTAATGTGGTGGTTGAGACGCTCGAGCAACTGGGTATCCGCGACATGGTTTTCACTCGGGAACCTGGCGGTACGCAACTTGCCGAAAAGTTAAGAAGCCTGGTGCTGGATATCAAATCGGTAGGCGATGAAGTCATTACCGATAAAGCCGAAGTTCTGATGTTTTATGCCGCGCGCGTTCAACTGGTAGAAACGGTCATCAAACCAGCTCTGGCTAACGGCACCTGGGTGATTGGCGATCGCCACGATCTCTCCACTCAGGCGTATCAGGGCGGCGGACGTGGTATTGACCAACATATGCTGGCAACACTGCGTGATGCTGTTCTCGGGGATTTTCGCCCCGACTTAACGCTCTATCTCGATGTTACCCCGGAAGTTGGCTTAAAACGCGCGCGTGCGCGCGGCGAGCTGGATCGTATTGAGCAAGAATCTTTCGATTTCTTTAATCGCACCCGCGCCCGCTATCTGGAACTGGCAGCACAAGATAAAAGCATTCATACCATTGATGCCACCCAGCCGCTGGAGGCCGTGAT > NC_000913/1155169‑1155713 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |