Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,866,488 | G→C | 5.5% | intergenic (+23/+71) | ygbN → / ← rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,866,488 | 0 | G | C | 5.5% | 624.7 / 17.8 | 177 | intergenic (+23/+71) | ygbN/rpoS | putative transporter/RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/75); new base C (6/4); total (98/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ATACTGACAACCGGCGGGTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACCTGAATCTGGCGAACACGTTCACGGGTGAGGCCAATTTCACGACCTACATCTTCCAGTGTTGCCGCTTCGTACCCCAGCAAACCGAATCGACGTGCCAGCACTTCACGCTGTTTGGCGTTCAGCTCGAA > NC_000913/2866217‑2866762 | gcggGTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTAtt < 4:146283/275‑1 (MQ=255) 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ATACTGACAACCGGCGGGTTACTCTCAGAAGCGGTGATGGGATTGAATCCGATTCAGTGCGTATTGGTGACGCTGGCAGCCTGCTTTGGTGGGCTTGGTGCGTCACATATTAATGACTCAGGGTTCTGGATTGTGACCAAATATCTGGGGTTGTCGGTAGCAGACGGTCTGAAAACCTGGACAGTGTTAACGACCATTCTCGGTTTTACCGGATTCTTAATTACCTGGTGCGTATGGGCGGTAATTTGACCTTAATAAAAAGGTCCGATGGGCATCGGACCTTTTATTGTGCACAGAAAAGGCCAGCCTCGCTTGAGACTGGCCTTTCTGACAGATGCTTACTTACTCGCGGAACAGCGCTTCGATATTCAGCCCCTGCGTTTGCAGGATTTCGCGCAAACGGCGCAGGCCTTCAACCTGAATCTGGCGAACACGTTCACGGGTGAGGCCAATTTCACGACCTACATCTTCCAGTGTTGCCGCTTCGTACCCCAGCAAACCGAATCGACGTGCCAGCACTTCACGCTGTTTGGCGTTCAGCTCGAA > NC_000913/2866217‑2866762 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |