| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,314,684 | A→T | 5.7% | intergenic (+26/+34) | ompW → / ← yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,314,684 | 0 | A | T | 5.7% | 353.6 / 6.3 | 102 | intergenic (+26/+34) | ompW/yciE | outer membrane protein W/putative rubrerythrin/ferritin‑like metal‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/45); new base T (4/2); total (55/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA > NC_000913/1314539‑1314826 | tCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAAta‑ta > 4:704167/1‑148 (MQ=255)tCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TAc < 1:100801/149‑1 (MQ=255) cAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACg < 2:754180/149‑1 (MQ=255) agggtgGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACgg 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tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt > 1:194257/1‑149 (MQ=255) tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt > 1:323851/1‑149 (MQ=255) tatCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACAt < 1:335807/149‑1 (MQ=255) cGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGt < 1:103107/149‑1 (MQ=255) gATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGta > 1:310164/1‑149 (MQ=255) 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cGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTaa > 4:110259/1‑148 (MQ=255) gTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTaaa > 3:47309/1‑148 (MQ=255) | TCAGTGTGGTACATGGATATCGATACCACCGCCAATTATAAGCTGGGCGGTGCACAGCAACACGATAGCGTACGCCTCGATCCGTGGGTGTTTATGTTCTCAGCAGGATATCGTTTTTAATTCCGCACAAAAACGACCCCGTAATA‑TACGGGGTCAATAAGGACATGGTATAAAGGGTATTATTTCTTCGCTTCTACGCCATCAGTTTCAGAGCGAATTAAAAATTTCTCAGTTGTTTGCGGAATATTCTGAATCAGCCAGTCGGCCATTTGCTTTTCCTCATTTAAA > NC_000913/1314539‑1314826 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |