| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,019 | C→T | 9.9% | R380W (CGG→TGG) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,019 | 0 | C | T | 9.9% | 297.0 / 19.3 | 101 | R380W (CGG→TGG) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/50); new base T (4/6); total (45/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-02 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCC > NC_000913/1683872‑1684163 | gCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGcc < 3:338074/148‑1 (MQ=255)gCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGcc < 4:644080/148‑1 (MQ=255)gCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCg > 1:215177/1‑149 (MQ=255) cTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGa > 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aTTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCaa > 2:373358/1‑149 (MQ=255) aTTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCa < 3:647806/148‑1 (MQ=255) ttAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCAATCTATAGCACTGGCAAt < 1:632887/149‑1 (MQ=255) tAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATg < 2:821271/149‑1 (MQ=255) tAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATg < 2:999339/149‑1 (MQ=255) 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gCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCg > 4:865906/1‑131 (MQ=255) gCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCg < 3:865906/131‑1 (MQ=255) | GCCCTGCGGTACTGCCATTCAACGGTTGAAACCAGCCTGCTACTGTCGGGGAATAGAGCGACATTAATTGTTGAGGATGATGGCCCAGGGATTGCCCCAGAAAACCGCGAACATATCTTTGAACCTTTTGTTCGCCTCGATCCCAGCCGGGATCGCTCAACCGGCGGCTGCGGGCTGGGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCC > NC_000913/1683872‑1684163 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |