| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 2,532,275 | T→A | 8.3% | intergenic (+51/‑134) | cysZ → / → cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,532,275 | 0 | T | A | 8.3% | 407.4 / 22.6 | 120 | intergenic (+51/‑134) | cysZ/cysK | sulfate transporter, sulfite inhibited/cysteine synthase A, O‑acetylserine sulfhydrolase A subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/64); new base A (5/5); total (51/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
CCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTT > NC_000913/2532128‑2532423 | cccGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATg < 1:826290/149‑1 (MQ=255) cGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATgcc > 2:1076246/1‑149 (MQ=255) gctTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATgccgcc < 3:995000/148‑1 (MQ=255) 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cAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCa < 3:527798/148‑1 (MQ=255) cAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCAt < 2:387315/149‑1 (MQ=255) cAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCAt < 1:430648/149‑1 (MQ=255) aGGGGCGGCATAAGCCACCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATg > 2:735848/1‑149 (MQ=255) ggggTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATg < 3:683797/148‑1 (MQ=255) ggggTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATg < 4:169473/148‑1 (MQ=255) ggggCGGCATAAGCCACCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTc > 1:98294/1‑126 (MQ=255) ggggCGGCATAAGCCACCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGa > 2:410888/1‑149 (MQ=255) ggTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTACTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTCCCGCATACTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCCTACAGTTAAGGACAGGCCATGAg < 4:175178/148‑1 (MQ=255) ttATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCCTACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGAtt > 1:658301/1‑149 (MQ=255) ttATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGAt > 3:1032836/1‑148 (MQ=255) tATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCAt > 3:885660/1‑119 (MQ=255) tATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCAt < 4:885660/119‑1 (MQ=255) tGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGAttttt < 1:1076246/149‑1 (MQ=255) tGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGAtttt < 4:854408/148‑1 (MQ=255) | CCCGCTGCTTAATCTGTTCATCATGCCCGTTGCCGTTTGTGGCGCGACGGCGATGTGGGTCGATTGCTATCGCGATAAACACGCGATGTGGCGGTAACAATCTACCGGTTATTTTGTAAACCGTTTGTGTGAAACAGGGGTGGCTTATGCCGCCCCTTATTCCATCTTGCATGTCATTATTTCCCTTCTGTATATAGATATGCTAAATCCTTACTTCCGCATATTCTCTGAGCGGGTATGCTACCTGTTGTATCCCAATTTCATACAGTTAAGGACAGGCCATGAGTAAGATTTTT > NC_000913/2532128‑2532423 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |