| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,309,012 | 0 | A | G | 6.3% | 512.7 / 17.0 | 158 | intergenic (‑88/+21) | nlpI/pnp | lipoprotein involved in osmotic sensitivity and filamentation/polynucleotide phosphorylase/polyadenylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/70); new base G (6/4); total (84/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
TGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCC > NC_000913/3308867‑3309159 | cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCgg > 3:571974/1‑148 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCgg < 3:654306/148‑1 (MQ=255) tCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCTCCGCTGcggcgggg < 3:272221/148‑3 (MQ=255) 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cGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCa < 1:455645/149‑1 (MQ=255) aaaaG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCGGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACt > 1:921550/1‑149 (MQ=255) tttg‑CCCTCCGCTGCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTga > 1:425315/4‑85 (MQ=37) aaG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACttt > 2:781969/1‑149 (MQ=255) ctccgctgCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCg < 3:1052186/124‑1 (MQ=255) ctccgctgCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCg > 4:1052186/3‑126 (MQ=255) ctccgctgCGGCGGGGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCAcc > 4:140673/3‑148 (MQ=255) cccGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCgg > 2:327040/1‑149 (MQ=255) ccgccgCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCgg > 3:628297/1‑148 (MQ=255) gcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACtt < 4:571974/148‑1 (MQ=255) gcAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTc < 2:427655/149‑1 (MQ=255) cAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTc > 4:68711/1‑148 (MQ=255) cAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTc < 4:163157/148‑1 (MQ=255) | TGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACTTCCAGAACTTTCACCGGTACTTCC > NC_000913/3308867‑3309159 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |