| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,333,057 | C→T | 9.6% | L21L (CTG→CTA) ‡ | rpmA ← | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,333,057 | 0 | C | T | 9.6% | 310.0 / 19.1 | 104 | L21L (CTG→CTA) ‡ | rpmA | 50S ribosomal subunit protein L27 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/46); new base T (4/6); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.20e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATA > NC_000913/3332910‑3333205 | ttCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 2:596701/1‑149 (MQ=255) tCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCa > 3:309039/1‑148 (MQ=255) tttCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGtt > 2:430288/1‑149 (MQ=255) tttCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGt > 3:551709/1‑148 (MQ=255) tttCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGAATCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGtt > 2:1033311/1‑149 (MQ=255) cACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTa < 4:46183/148‑1 (MQ=255) aCTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTAAACGCCTGGGCGTTAAg < 3:55014/148‑1 (MQ=255) ttACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCtt < 4:551709/148‑1 (MQ=255) ccGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTg < 3:755762/148‑1 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATcgcg < 4:89798/148‑1 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATcgcg < 4:783658/148‑1 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATc > 2:1069453/1‑145 (MQ=255) cTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATc < 1:1069453/145‑1 (MQ=255) tttAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGa < 3:638168/148‑1 (MQ=255) tttAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGa < 4:545948/148‑1 (MQ=255) tttAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTAGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGAc < 1:789230/149‑1 (MQ=255) gCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCCCGGTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGtt < 1:972657/149‑1 (MQ=255) aaCAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTAAACGCCTGGGCGttaa < 3:486719/126‑3 (MQ=255) aaCAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTAAACGCCTGGGCGttaa > 4:486719/1‑124 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cGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAgg < 3:796325/105‑1 (MQ=255) cGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAgg > 4:796325/1‑105 (MQ=255) aCCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGcc > 4:661075/1‑148 (MQ=255) aCCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTAt > 2:522080/1‑149 (MQ=255) cTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTAtgt < 2:505898/149‑1 (MQ=255) tAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCAtt > 2:603879/1‑149 (MQ=255) 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aaaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACgt < 3:55556/143‑2 (MQ=255) aaaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATAGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACgt > 4:55556/1‑142 (MQ=255) aaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGaa < 3:678157/81‑1 (MQ=255) aaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCct > 2:709009/1‑149 (MQ=255) aaCGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCct > 1:556327/1‑149 (MQ=255) aagCTAAACGCCTGGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGaa > 3:1008806/3‑80 (MQ=255) cGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCctgc < 1:820853/149‑1 (MQ=255) cTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTGACGTGTGGAGCCGCCAACCTTTGTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTGACATCAGTGAACCACTGACGATCGCCctgct > 3:655089/1‑148 (MQ=255) aaCGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTgctgct < 4:1004035/148‑1 (MQ=255) cccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGaaa > 3:881162/1‑71 (MQ=255) cccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGaaa < 4:881162/71‑1 (MQ=255) cccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGa < 1:461699/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAgg < 2:232256/82‑1 (MQ=255) ccAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAgg > 1:232256/1‑82 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGAt < 3:248567/148‑1 (MQ=255) cAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGAt < 4:317636/148‑1 (MQ=255) | TTCGAATTTCACTTTACCGTCTGCTTTAGCAAACAGAGTGTGGTCACGACCGCAACCTACGTTAGCGCCAGCGTGGAATTTGGTACCACGTTGACGAACGATGATGCTACCCGCCAGAACGGATTCGCCACCGAAACGCTTAACGCCCAGGCGTTTAGCTTCTGAATCGCGACCGTTACGTGTGGAGCCGCCAGCCTTTTTATGTGCCATTTGAAATCTCTCCTCAGGTCTTAGGCGCTGATGCCAGTAATTTTCACATCAGTGAACCACTGACGATGGCCCTGCTGCTTACGATA > NC_000913/3332910‑3333205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |