New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1557358 = | 93 (0.670) | 4 (0.030) | 4/502 | 13.0 | 3.4% | coding (681/927 nt) | ddpF | D,D‑dipeptide ABC transporter ATPase |
? | NC_000913 | 1558015 = | 135 (0.990) | coding (24/927 nt) | ddpF | D,D‑dipeptide ABC transporter ATPase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
GCCACACCGGTAAGCGCGGATTAAGCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGATACCAACAGGCACAGCGCTGGTTGTTGTCACCACACGCTGTCAGCGCCGGGACGTTTTCACACTGTGCACCTGCCGCATAGCAACGATCGCGAAAAGCGCAGCCGTCAGGCAAATGGGTGAGGTTTGGTACCGTCCCTGGAATGGCGGGTAATAGCTGGCGTGGTACTCCATGTTCTGGTGCGCATTGCAGCAAACCAATGGTATACGGATGCCGGGGATGATGGATAA > NC_000913/1557738‑1558287 | gcCACACCGGTAATCGCGGATTAAGCGAAGAGAGCGTGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGCTGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGt < 2:132153/278‑1 (MQ=255) acacCGGTAAGCAGGGATTAAGCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCGGCATAATGCGGTGTGAGCCAGGACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGt < 1:726132/275‑1 (MQ=255) cgGATTAAGCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGACCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGAAGTCGCGTAACGTTTATAACg > 1:97221/1‑275 (MQ=255) tAAGCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGa < 2:114602/277‑1 (MQ=255) gCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGTGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGa < 1:234637/274‑1 (MQ=255) gCGAAGAGAGCGGGTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGa < 3:723467/274‑1 (MQ=255) gggTCCTGAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAAcctcc > 2:211187/1‑277 (MQ=255) gAAACACCATCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAAAATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATACAGTTGCAGAAACTTTAAATCCCctgct > 3:606693/1‑274 (MQ=255) acccacTGCAAAAGGCGTTGTGAGCGAGAACGGATGTCCTGCCCGTGGCTCTGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGGGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTGTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGa < 1:5475/269‑1 (MQ=255) aTCTGCATAATGCGTTGTGAGCCAGAACGGATGTACTGCCCGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGATACCAAc > 2:198876/1‑278 (MQ=255) 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cGTGGCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGATACCAACAGGCACAGCGCTGGTTGTTGTCACCACACGCTGTCa > 1:140836/1‑274 (MQ=255) ggCTCGGTTGCAGCATACCCATTAAAAGCTGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCCTGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACTTCGCGTAACGTTAATCAAGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGATACCAACAGGCACAGCGCTGGTTGTTGTCACCACACGCTGTCAGCGCCgg > 2:148419/1‑278 (MQ=255) ctaggTTGAAGCATACCCATTAAAAGCGGTGCGAGGGTGCTTTTGCCGCAGCCTGACTCGCCGACGATCCCTAAGGTTTCACCACGGCGGATCTGTAAATCAATACCATTAATGGCATGAACATGTTCCGTAGTTTTACCAAGCCAGTTTTTACGGGCCGGGAAATTGATATGGACGTCGCGTAACGTTAATAACGTGTCAGACACTTATAACCTCCTGCTGCGGATACCAACAGGCACAGCGCTGGTTGTTGTCACCACACGCTGTCAGCGCCGGGa < 2:605914/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |