Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,774,214 | C→T | 6.6% | intergenic (+20/‑210) | mtlA → / → mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,774,214 | 0 | C | T | 6.6% | 3263.5 / 131.6 | 990 | intergenic (+20/‑210) | mtlA/mtlD | mannitol‑specific PTS enzyme: IIA, IIB and IIC components/mannitol‑1‑phosphate dehydrogenase, NAD‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (535/387); new base T (37/29); total (574/416) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1020 total aligned reads displayed.
CGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTT > NC_000913/3774066‑3774362 | gTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCcaca > 3:1370132/1‑149 (MQ=255) tAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACAt > 2:1306255/1‑149 (MQ=255) aacaacGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATg < 3:185929/149‑1 (MQ=255) 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tccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct > 2:476870/1‑149 (MQ=255) tccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCGACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct > 4:110951/1‑149 (MQ=255) attaaccccACCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGATTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCct > 4:159984/7‑149 (MQ=21) ccaatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCctc < 3:1258626/149‑1 (MQ=255) caatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCctct < 1:315812/149‑1 (MQ=255) aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc > 1:1191756/1‑149 (MQ=255) aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc < 4:771434/149‑1 (MQ=255) aatccCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCtctc > 3:1319625/1‑149 (MQ=255) ccACCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGccc < 1:250314/140‑1 (MQ=25) ccACCCTCTCCACATGGAGAAGGGGGGGGTAATTGCCTGATGCGCCACCCTTATCAGGCCTACAGGGGGCCTAATAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTTTAAGCCGGATAAGGCGCTTTCGCCGCATCCGGCCCTTCCCCTCTCCTCa > 2:1146756/1‑149 (MQ=255) cACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCAc > 3:1051208/1‑149 (MQ=255) cACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCAc > 4:1321923/1‑149 (MQ=255) aCCTTCTCCATGTGGAGAGGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACg > 4:420108/1‑149 (MQ=255) ctctCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGgag > 4:1008880/1‑149 (MQ=255) ctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGagag < 1:631208/149‑1 (MQ=255) ctcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGagag < 1:858878/149‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAg < 3:405022/105‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAgg > 4:597580/1‑149 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAgg < 4:232481/149‑1 (MQ=255) tcCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAgg < 3:1495485/149‑1 (MQ=255) acaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGtt < 3:457769/149‑1 (MQ=255) acaTGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGtt > 2:148743/1‑149 (MQ=255) | CGTAACAACGAGCACATTCAGGTTATCACCAGCCTGACCAATGCACTGGATGATGAGTCCGTCATCGAGCGTCTGGCACACACCACCAGCGTGGATGAAGTGCTGGAACTGCTGGCAGGTCGTAAGTAATCCAATCCCACCCTCTCCACATGGAGAAGGTGGGGTTAATTGCCTGATGCGCTACGCTTATCAGGCCTACAGGATGCATCACAATTTGTTGAATTTGCACGTTCTTGTAGGCCGGATAAGGCGCTTACGCCGCATCCGGCGCTGCCCCTCTCCTCACGGAGAGGGTTT > NC_000913/3774066‑3774362 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |