| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,261,359 | 0 | T | A | 5.2% | 596.1 / 17.6 | 175 | intergenic (+53/‑310) | yjbM/dusA | uncharacterized protein/tRNA‑dihydrouridine synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (86/79); new base A (4/5); total (91/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
TCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCACT > NC_000913/4261214‑4261506 | tCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAAtatttat < 1:1472442/149‑1 (MQ=255)tCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAAtatttat < 4:1029131/149‑1 (MQ=255) cGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAAtatttatt < 4:350462/149‑1 (MQ=255) 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3:743123/71‑1 (MQ=255) ccAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTcc < 4:510368/149‑1 (MQ=255) ccAATAAATATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAg < 2:44541/125‑1 (MQ=255) ccAATAAATATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAg > 1:44541/1‑125 (MQ=255) cAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCCATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTCATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCTTTAACAAAGTTAAAGGCTAATATGATTATTTCCa > 2:1127099/1‑149 (MQ=255) cAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCa < 3:1433657/149‑1 (MQ=255) tttattGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCACt > 3:1208293/1‑149 (MQ=255) | TCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCACT > NC_000913/4261214‑4261506 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |