New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2070275 | NA (NA) | 5 (0.040) | 5/512 | 12.2 | NA | intergenic (‑95/‑2) | insC1/yoeA | IS2 repressor TnpA/CP4‑44 prophage; putative disrupted hemin or colicin receptor;Phage or Prophage Related; interrupted by IS2 and C‑terminal deletion |
? | NC_000913 | 2996364 = | NA (NA) | noncoding (1328/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. |
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGACTGTTGATAGATGAGTCTGCGCTGGAGCGTGTTGAGGTAGTGAAAGGTCCATATTCCGTACTGTACGGTTCACAGGCAATTGGCGGTATTGTTAACTTCATCACCAAAAAGGGTGAATCTCCGGACTCCCTATATCACTTAAATTGATACAACTTTTTAGAGTAGTCATTAGTGAACAGATAATTGAT > NC_000913/2070013‑2070545 | tccttcctGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTATTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGATATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAACCAtcctc > 3:181563/1‑275 (MQ=21) cctcctGTTATCGCTTACGCCAGAGAAATAACTCGCTGGCTGTTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGTGACACCGTCATCCCCGTTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTCTTCCTGTGTTGTACGCCGTCTGCTTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCg < 4:196062/274‑1 (MQ=11) ttcctGGTATTGAGTACGCCAGAGGAATAACTGGCTGGCTGGTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGAAGATCACTTATTTAAGTGATAATGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTccc < 2:323637/274‑1 (MQ=255) ggTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCGGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGttt > 1:277492/1‑275 (MQ=39) tGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTTTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCTAACAATCCTACCGTGTTTTAAtt > 3:591960/1‑275 (MQ=255) tGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGATGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGGGGTAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAAtt < 3:277162/275‑1 (MQ=255) cGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCAtt > 3:171496/1‑275 (MQ=255) gCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCGGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGGGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAACAATCTTCCGGTGTTTTAATtctaagtg > 3:174259/1‑270 (MQ=255) agagGAATAACTGGCTGGCGGCTACAGCATGTGGCCGGGCAACGAGGGAGACCGGAATCACCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGAGCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCGAAAAACGAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGGCTGGAGATTCAGGGGGACAGGATAGTGGCGAAGCATCCACCCGTGTTTTAGTGCTCATTGAt < 3:429414/274‑1 (MQ=14) agaAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAAATAGTATTAAGACTATCACTTATTCAAGTGATATTGGTTGTCGGGAGATTGAGGGGGACCGTTTAGTGGCGACGCATCCCCGCGGGTTGTAATTCTGCTTGAGGGtt > 4:317339/1‑275 (MQ=11) 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agccATTTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTGTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAGAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAgcgcg < 1:329354/273‑1 (MQ=255) cATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGGACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCgg > 2:547757/1‑276 (MQ=255) tGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACAGCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTACTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGga < 1:258846/275‑1 (MQ=255) 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ggCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCGCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATTACTAATCTACAAACTAGTATTAAGAATATCACTTTTTTAAATGTTATTGGTTGTCTGGAGTTTCAGGGGGCCAGTACAGTGGCTAAGCATCCTCACGTGTTTTTATTATTATTGAGGGTAAGGGGGGTACTTATCAGATCGACGgactcaattct > 4:478785/1‑267 (MQ=14) ggacaacttCATCCCCGGTTAAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTGCTCCAATGACTAGGATAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCAAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTGGGa < 4:181285/268‑1 (MQ=255) ggAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAGTGGCGAAGCATCCTCCCGTGTTTTAATTCTCATTGATGGTCAGGAGGTAACTTATCAGCGCGCCGGAGATAATTATGGTGTgg < 1:278182/274‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |