| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 169,748 | T→A | 7.4% | intergenic (+21/‑30) | fhuA → / → fhuC | ferrichrome outer membrane transporter/iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 169,748 | 0 | T | A | 7.4% | 693.5 / 35.7 | 203 | intergenic (+21/‑30) | fhuA/fhuC | ferrichrome outer membrane transporter/iron(3+)‑hydroxamate import ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (91/97); new base A (8/7); total (99/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 213 total aligned reads displayed.
GCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAC > NC_000913/169600‑169896 | gctCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGAt < 1:1283463/149‑1 (MQ=255) cAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTcc < 4:117738/149‑1 (MQ=255) aaCGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCg > 1:95156/1‑149 (MQ=255) 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gggCACGGAAATCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCgg > 2:1439706/1‑149 (MQ=255) gggCACGGAAATCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCgg > 3:441448/1‑149 (MQ=255) aCGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGaaa > 4:491235/1‑149 (MQ=255) aCGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGaaa > 3:1258935/1‑149 (MQ=255) cGGATTTACGTGCCCATTTCACAGTTACGCTGTTATACAGGAATACACGAATCATTCAGATACCACTTTTGAACTGCGTAATTTCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTTCATCCGCTTTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAg < 2:391993/149‑1 (MQ=255) ggATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGt < 1:1721150/149‑1 (MQ=255) ggATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGt < 3:1349118/149‑1 (MQ=255) aTTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACtttt < 2:194975/67‑1 (MQ=255) aTTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGa > 3:701971/1‑149 (MQ=255) tttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc < 3:136953/149‑1 (MQ=255) tttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc < 3:908813/149‑1 (MQ=255) tttCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAc < 2:431829/149‑1 (MQ=255) | GCTCCAACGTGGCGCTGCATGTTAACAACCTGTTCGATCGTGAATACGTCGCCAGCTGCTTTAACACTTATGGCTGCTTCTGGGGCGCAGAACGTCAGGTCGTTGCAACCGCAACCTTCCGTTTCTAATTTCTCTTTTGGGGCACGGATTTCCGTGCCCATTTCACAAGTTGGCTGTTATGCAGGAATACACGAATCATTCCGATACCACTTTTGCACTGCGTAATATCTCCTTTCGTGTGCCCGGGCGCACGCTTTTGCATCCGCTGTCGTTAACCTTTCCTGCCGGGAAAGTGAC > NC_000913/169600‑169896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |