| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 3217522 | NA (NA) | noncoding (89/89 nt) | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP229 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCC > NC_000913/3217342‑3217634 | aaTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAg > 1:955880/1‑149 (MQ=255)aaTAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAg > 3:1257790/1‑149 (MQ=255) tAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGgc > 2:2424662‑M1/1‑147 (MQ=255) 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< 1:1524787/149‑1 (MQ=255) cGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCg < 1:15034/149‑1 (MQ=255) gCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGcc < 4:577930/149‑1 (MQ=255) acacCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGa < 3:2200189/87‑1 (MQ=255) acacCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGaca > 1:394966/1‑149 (MQ=255) acacCCGCTACACAACCCGCAGGACTAATAAGATGCGCAAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGCTCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGaca < 4:378998/149‑1 (MQ=39) acCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACAcc > 1:436237/1‑149 (MQ=255) cccGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCt > 3:426476/1‑149 (MQ=255) ccGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTACTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTg > 2:753040/1‑149 (MQ=255) acacacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATAc < 3:1207106/75‑1 (MQ=255) acacacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATAc > 4:1207106/1‑75 (MQ=255) acacCCCGCAGgcctgataagatgcgccagcatcgcatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtaggccggataaggcgcgtcaagcgtcgcatccggcaattgcaccgcgccactggcggatgcggcgattaatccagttgcgtaat > 4:1312795‑M1/1‑11 (MQ=255) acacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCTGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTGCCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCActc > 4:1523832/1‑149 (MQ=255) acacCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCActc > 4:548470/1‑149 (MQ=255) acCCCGCAGgcctgataagatgcgccagcatcgcatcaggcctgcggggtgtgtagcgggtgtaggccggataaggcgcgtcaagcgtc > 1:2168914‑M1/1‑9 (MQ=255) acCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCActctc < 4:2302424/149‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTc < 2:338595/149‑1 (MQ=255) ccGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTc > 1:1822667/1‑149 (MQ=255) | AATAAAAAAGATCATTGCGGTGATCGACCGCGCCGCTTTTGATATTACGCAACTGGATTAATCGCCGCATCCGCCAGTGGCGCGGTGCAATTGCCGGATGCGACGCTTGACGCGCCTTATCCGGCCTACACCCGCTACACACCCCGCAGGCCTGATAAGATGCGCCAGCATCGCATCAGGCATTGTGCTCCAACCGCCGGATCCGGCATACCGATTAATGCAGTACCGTCACCGCGTCTTCCAGTCGGCTGGCGCGGTGTTTCACCATCGCCGACACCTGCGCACTCTCTTCC > NC_000913/3217342‑3217634 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |